[发明专利]一种面向单细胞RNA测序数据的细胞类型识别方法有效
申请号: | 202110240929.1 | 申请日: | 2021-03-04 |
公开(公告)号: | CN112967755B | 公开(公告)日: | 2023-06-13 |
发明(设计)人: | 欧阳乐;吴永贤 | 申请(专利权)人: | 深圳大学 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B40/00 |
代理公司: | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人: | 刘俊 |
地址: | 518061 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 面向 单细胞 rna 序数 细胞 类型 识别 方法 | ||
1.一种面向单细胞RNA测序数据的细胞类型识别方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1,获取包括单细胞RNA测序数据的原始数据集,使用若干个子聚类算法分别对所述原始数据集进行聚类分析,获得对应的子聚类结果;
S2,运用概念分解的矩阵分解模型提取所述原始数据集的低维特征表示;
S3,构建用于描述细胞相似性的关联矩阵,通过自表示学习获取所述低维特征表示的结构信息,将所述结构信息保存到所述关联矩阵上;
S4,通过图正则化将所述子聚类结果整合到所述矩阵分解模型中,结合所述关联矩阵,构建目标函数;
S5,通过求解所述目标函数优化更新所述关联矩阵,通过对优化更新后的关联矩阵进行谱聚类获得细胞类型识别结果。
2.根据权利要求1所述的面向单细胞RNA测序数据的细胞类型识别方法,其特征在于,在所述步骤S2提取所述原始数据集的低维特征表示XW的过程中,所述原始数据集通过概念分解的矩阵分解模型进行拆解,目标式如下:
其中,X∈Rn×p为原始数据集对应的原始数据矩阵,n为所述单细胞RNA测序数据的样本数量,p为所述单细胞RNA测序数据的基因数量;W∈Rp×k为投影矩阵,V∈Rk×p为系数矩阵,k为特征数目。
3.根据权利要求2所述的面向单细胞RNA测序数据的细胞类型识别方法,其特征在于,在结合所述关联矩阵后,所述目标式如下:
其中,λ1为衡量低秩约束项重要性的超参数,diag(Z)为关联矩阵Z∈Rn×n的对角线元素。
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