[发明专利]检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法

说明书

本发明涉及一种检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法，基于BAM文件作为输入文件，对肿瘤组织样本和其对照白细胞样本进行检测，检测不同样本类型panel中的HRR通路的突变信息和基因重组修复缺陷导致的大片段的染色体异常HRD，对肿瘤组织样本进行检测的步骤包括：1)检测HRR通路的单核苷酸突变；2)检测HRR区域的杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因失衡(TAI)、大片段状态转移(LST)，HRD评分＝LOH、TAI和LST评分的加权后总和。本发明提供的肿瘤患者的突变和HRD评分用药指导的方法。该方法优化了传统通过全基因组检测计算HRD值评分并不利于临床实效的方法，并且提升了计算速度，检测效果好，检测结果准确，可以很好地满足实际应用的需要。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体是指检测肿瘤患者的突变和HRD评分指导用药的方法。

背景技术

随着二代测序的技术成熟和经济成本的下降，基因组测序在医学领域上得到各种广泛的应用。以肿瘤的药物使用和临床实验为例，研究人员可以取癌组织或是血浆样本来研究具有不同生物标志物的癌症类型对药物的有效性、癌症发生转移的过程机制和产生的标志物、筛查肿瘤早期或是复发的标志物等。

基因具有多种突变类型，单个点突变为单核苷酸突变(SNV)，根据突变发生的时间不同，分为胚系突变和体细胞突变。胚系突变又叫生殖细胞突变，是来源于精子或卵子这些生殖细胞的突变，因此通常身上所有细胞都带有突变；体细胞突变又叫获得性突变，是在生长发育过程中或者环境因素影响下后天获得的突变。不同癌症类型都会有不同的突变类型特征，目前最常用于组织上体细胞SNV检测的软件是GATK-mutect2，胚系突变SNV检测的软件是GATK-HaplotypeCaller，该软件很好的对测序数据做严格质量校正，还利用经大量临床医学数据训练出可靠贝叶斯模型和马尔可夫模型来检测SNV变异。

HRR基因是负责人类同源重组修复的基因，主要负责修复双链断裂。当这类基因发生突变或缺失，基因组断裂不能及时修复，会容易出现以染色体断裂(LST)、杂合性缺失(LOH)、端粒不稳定(TAI)为主的基因组缺陷症状。通过衡量这三个基因组缺陷程度，可以评估HRD的分数。HRD大多数是因为HRR(同源重组修复)途径中的基因突变导致的。

目前对HRD评分的计算基于采用WGS测序策略。该策略的优点是，可以检测整个基因组的染色体断裂、杂合性缺失、端粒不稳定的基因组缺陷症状，检测范围覆盖广泛；但其缺点相当明显，首先WGS检测会因数据量和覆盖范围限制而导致整体测序深度相对全外显子或自定义基因集panel检测的低，并且价格昂贵，不适应在临床批量应用。但如果以检测HRR通路突变的自定义基因集作为panel，其检测深度和相对精度对极大的增加。在HRD评分中，由于检测覆盖范围原因，panel检测出的HRD相关各指标值会不同于WGS检测后的计算分值，但在基因组染色体整体判断预测中，仍有一定的相关性和代表性。对于panel中计算分值有不可避免的偏差，普遍表现为Tel值和LST值显著比WGS所检出的值低，TAI值略低。基于WGS中HRD＝Tel+LS+TAI的评分算法，panel的HRD评分相对WGS显著降低。从而难以将WGS中HRD分值的高低作为参照，直接应用在Panel的HRD评分中，因此也导致无法将WGS中HRD分值高低(＞42)所对应的用药指导或药效评估应用在panel检测后计算的HRD结果中。因此对检测自定义基因panel中，通过加权处理后，将检测计算出同WGS样、有效且可靠的HRD值，以此来判断基因组缺陷程度及用药指导的方法，是有利于在临床中推广应用的。

发明内容

为解决上述技术问题，本发明提供的技术方案为：针对上述现有技术中存在的问题，本发明的目的在于提供一种可避免出现上述技术缺陷的，在自定义panel中检测肿瘤患者的突变和HRD指导用药的方法。

为了实现上述发明目的，本发明提供的技术方案如下：

HRD中LOH、TAI和LST评分panel加权计算检验