[发明专利]一种用于量化生物进化树间相似度的方法

权利要求书

1.一种用于量化生物进化树间相似度的方法，其特征在于：提出的量化方法用于评估生物进化树间的相似性程度，相似程度衡量的指标包括结构相似性程度SS、树形相似性程度ST和关系相似性程度SR共3个部分，具体步骤如下：

对于结构相似性程度SS方法，其兼顾全局性和局部性，用于描述进化树的所有或是部分的支形及对应物种；它是用于度量两颗进化树间的进化树结构相似性情况，该结构兼顾进化树的树形和树枝末端的物种，其考察的次数总和等于所选树枝的节点数量，通过计算各自共同节点及其末端的共同物种一致数目占比，以此来反映进化树的结构相似性程度，其计算方法先从最小进化单元开始，采用由小到大的累加计算方法；

对于树形相似性程度ST方法，其兼顾全局性和局部性，用于描述进化树的所有的或是部分的树形；它是用于度量两颗进化树间单纯的进化树树形的相似性指标，其考察的次数总和仍等于所选树枝的节点数量，通过计算各自节点下对应所属支形类型一致性与否，并赋予相应的权重，权重值用公式表示为m/Σn，其中n表示分支中所有 物种数目，Σn为累计各分支物种数目后求和，m为两颗进化树中物种名相同的数目，以此来反映进化树的树形相似性程度，其计算方法先从最外层的最大分支单元开始，采用由大到小的剥离和累加计算方法；

对于关系相似性程度SR方法，其只针对局部树枝或物种，用于描述进化树的多个物种或是不同物种组成的多类群，数目不多于10个单元间的相似度关系的描述；其考察所选支中的各物种或各类群内的两两关系，它是用于细化度量指定物种或类群内的两两关系的指标，其考察的次数总和等于所选物种或类群数量n的组合数可用C(n,2)表示，其两两关系远近利用1，2，3，…N来表示，通过计算各自包含相同关系的数目比例，以此来反映所选支内各物种或各类群间的关系相似性程度；

进一步地，在对比两颗进化树时，需要先对进化树中的物种进行交集计算，去除外群和不同物种，仅保留共同物种，以确保两颗树具有可比性，对于去除树枝末端的不同物种后树形结构的变化，可直接采用“塌陷合并”的方式，即将该物种连同所在的独立支直接从进化树支上去除。