[发明专利]反应间相似度量化方法、系统及装置在审
申请号: | 202110181610.6 | 申请日: | 2021-02-09 |
公开(公告)号: | CN114913931A | 公开(公告)日: | 2022-08-16 |
发明(设计)人: | 曾琢;杨格鉴;吴海超;易渝富;李科;彭焕庆;陆文洋;王萌;杨鹏;陈全岗;杜太平;谷铮 | 申请(专利权)人: | 重庆博腾制药科技股份有限公司;合肥沃时科技有限公司 |
主分类号: | G16C20/10 | 分类号: | G16C20/10;G16C20/40 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 邬嫡波 |
地址: | 401220 重庆市*** | 国省代码: | 重庆;50 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 反应 相似 度量 方法 系统 装置 | ||
1.一种反应间相似度量化方法,其特征在于,包括以下步骤:
获取目标化学反应式;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的反应位点附近微环境的相似度;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的结构式的相似度;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的化学基团的相似度;
基于所述系统中化学反应式的反应位点和反应位点附近微环境的相似度、结构式的相似度和化学基团的相似度对数据库中化学反应式进行相似度排序。
2.根据权利要求1所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,所述计算系统中化学反应式与目标化学反应式的反应位点附近微环境的相似度包括以下步骤:
获取目标化学反应式的反应位点;
基于所述目标化学反应式的反应位点获取反应位点附近微环境;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的反应位点和反应位点附近微环境的相似度。
3.根据权利要求1所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,所述计算系统中化学反应式与目标化学反应式的结构式的相似度包括以下步骤:
获取目标化学反应式的各个分子的分子指纹;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的反应物的分子指纹的相似度;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的产物的分子指纹的相似度;
根据反应物的分子指纹的相似度和产物的分子指纹的相似度计算结构式的相似度。
4.根据权利要求1所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,计算系统中化学反应式与目标化学反应式的化学基团的相似度包括:
识别目标化学反应式的化学基团;
获取系统中含有目标化学反应式的化学基团的化学反应式;
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的化学基团的相似度。
5.根据权利要求3所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,还包括:
所述化学反应式与目标化学反应式的反应物的分子指纹的相似度、化学反应式与目标化学反应式的产物的分子指纹的相似度均基于相似性指标算法计算。
6.根据权利要求5所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,所述相似性指标算法包括:Tanimoto系数算法,欧几里得距离算法和余弦距离算法。
7.根据权利要求1-6所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,还包括以下步骤:
获取所述系统中化学反应式的反应位点附近微环境的相似度、结构式的相似度、化学基团的相似度,并分别量化系统中化学反应式的反应位点附近微环境的相似度、结构式的相似度、化学基团的相似度;
根据量化后的所述系统中化学反应式的反应位点附近微环境的相似度、结构式的相似度和化学基团的相似度对数据库中化学反应式进行相似度排序。
8.根据权利要求7所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,还包括以下步骤:
计算系统中化学反应式与目标化学反应式的反应位点附近微环境的相似度、目标化学反应式的结构式的相似度、目标化学反应式的化学基团的相似度是基于原子对应关系提取规则计算所述目标化学反应式中每个分子对应的原子对应关系。
9.根据权利要求8所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,还包括以下步骤:
所述原子对应关系获取包括对输入的化学反应式转化为SMILES,然后再构建反应式原子关系。
10.根据权利要求8所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,所述目标化学反应式的反应位点基于原子对应关系获取。
11.根据权利要求10所述的反应间相似度量化方法,其特征在于,
所述系统中化学反应式与目标化学反应式的反应位点附近微环境的相似度的量化包括系统中化学反应式与目标化学反应式的反应位点相似度的量化、反应位点附近原子的相似度的量化、反应位点附近的化学键的相似度的量化中的一种或多种方式进行量化。
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