[发明专利]一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法

说明书

本发明公开了一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，整合TCGA和GTEx数据库的前列腺癌基因表达数据集，分别进行差异基因表达分析和加权基因共表达网络分析，筛选差异表达的关键模块基因；通过WGCNA分析和Cox比例风险回归分析得到关键基因，将得到的关键基因，miRNA，lncRNA通过其相互作用关系构建ceRNA网络，并根据lncRNA,miRNA和hub gene在PRAD中的表达趋势进行评估，结合生存分析得到与PRAD预后显著相关的ceRNA调控网，便于进行疾病的早期诊断，设计靶向药物的精准治疗。

技术领域

本发明具体涉及一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，属于医药技术领域。

背景技术

前列腺癌是男性泌尿生殖系较为普遍的恶性肿瘤之一。

众所周知，癌症的治疗一直都是现代医学领域难以攻克的难点，传统的治疗手段由于癌细胞随血液扩散导致很难彻底杀死癌细胞。研究前列腺癌生物学特性，寻求有价值的特异性生物标记物对前列腺癌早期诊断、靶向治疗和判断预后具有重要意义。

探索生物标志物的潜在调控网络对于开发有效的治疗至关重要。近几年来，越来越多的证据揭示了mRNA-miRNA-lncRNA调控网络在多种人类癌症中具有重要的调控作用。许多研究指出，ceRNA网络可能是前列腺癌预后的一个标志。因此利用mRNA-miRNA-lncRNA相互作用关系为疾病的早期诊断，设计靶向药物进行精准治疗，对癌症的靶向治疗及个体化精准医疗有重要的意义。

尽管，越来越多的证据揭示mRNA-miRNA-lncRNA调控网络在多种人类癌症中发挥重要作用。然而，在癌症预后相关的mRNA-miRNA-lncRNA调控网络研究仍然缺乏。

发明内容

本发明的目的在于克服现有背景技术中的不足，提供一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法。

为达到上述目的，本发明是采用下述技术方案实现的：

提供一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法，包括以下步骤：

步骤1：从UCSC数据库中整合TCGA和GTEx前列腺癌归一化基因表达数据集，从TCGA数据库中下载前列腺癌的基因表达数据及mRNA、miRNA表达数据、lncRNA表达数据和前列腺癌病人的临床信息；

步骤2：对TCGA和GTEx数据库前列腺癌归一化基因表达数据集进行差异基因表达分析，得到前列腺癌差异表达基因；

步骤3：对TCGA和GTEx数据库前列腺癌归一化基因表达数据集进行加权基因共表达网络分析，将前列腺癌基因划分为高度相关的多个特征模块，并将特征模块与前列腺癌病人样本建立关联，找到发挥关键功能模块；取关键功能模块与前列腺癌差异表达基因的交集，得到差异表达的关键模块基因；

步骤4：对关键模块基因进行Cox单因素回归分析，得到潜在预后基因；对潜在预后基因进行Cox多因素回归分析，筛选出关键基因；

步骤5：根据关键基因预测得到关键基因的上游miRNA，基于前列腺癌的miRNA表达数据进行差异表达分析，筛选出差异表达的相关miRNA；

步骤6：根据差异表达的相关miRNA进行预测，得到前列腺癌差异表达miRNA的上游lncRNA，基于前列腺癌的lncRNA表达数据进行差异表达分析，筛选出差异表达的相关lncRNA；

步骤7：基于得到的关键基因、差异表达的相关miRNA、差异表达的相关lncRNA，根据其相互作用关系构建ceRNA网络；

步骤8：基于ceRNA网络，并根据差异表达的相关lncRNA、差异表达的相关miRNA和关键基因在前列腺癌中的表达趋势进行评估，结合生存分析得到最终的前列腺癌预后显著相关的ceRNA调控网络。