[发明专利]一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法

说明书

本发明提供一种香猪表型性状的个体基因组育种值评估方法，涉及动物育种技术领域，为香猪的选种、配种提供理论依据。该发明采用GBLUP(基因组最佳线性无偏估计)模型，结合表型、基因型和谱系信息进行基因组育种值估测，采用自编写的Python程序，计算个体的育种值(即种畜个体遗传潜力的相对值)。

技术领域

本发明涉及动物分子育种技术领域，具体来说，涉及一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法。

背景技术

从江香猪，是我国珍贵的地方猪种，产区位于贵州省从江县。香猪体型小，基因较为纯和，肉质鲜嫩，无膻腥味，营养价值高，是加工制作高品质肉品的原材料。随着人们的生活水平提升，对肉质的要求越来越高，香猪成为了越来越多人们需求的首选，但是香猪产仔率较低，经常供不应求，因此，如何提高产仔数成为当前香猪养殖业的重点。

传统育种耗时费力，而通过GBLUP方法不仅可以缩短世代间隔，快速准确的选育出携带优良基因型的个体作为种猪。GBLUP方法的原理：指通过检测覆盖全基因组的分子标记，利用基因组水平的遗传信息对个体进行遗传评估，以期获得更高的育种值与估计准确度，是全基因组范围的标记辅助选择技术。

发明内容

本发明的目的在于提供一种评估香猪表型性状个体基因组育种值方法，进行选育、选配种猪。

本发明的一种方法：在实验室筛选到的香猪繁殖性状18个结构变异位点，作为分子标记位点，构建GBLUP模型，用Python程序自编写代码，作为一个脚本，输入数据即可计算每个个体对应的育种值，该方法简单快捷，省去了繁琐的计算过程，还可用于计算其它动物表型性状的个体基因组育种值计算。

为解决香猪传统育种中面临的费时、费力和耗费大量资金等问题，本发明所采取的技术方案是：一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法，使用表型、基因型、和谱系信息进行基因组育种值的预测，评估个体的遗传价值(即育种值)，具体包括以下步骤：

一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法，采用GBLUP(基因组最佳线性无偏估计)模型，使用表型、基因型和谱系信息进行基因组育种值的预测，计算出估计的个体育种值(即遗传价值)，具体包括以下步骤：

步骤1：将基因型数值化，即予以赋值，基因型DD、DI和II分别赋值为-1，0，1，其中，-1代表DD基因型，0代表ID基因型，1代表II基因型，构建基因型关系矩阵，得到个体间的亲缘关系矩阵，G矩阵，其定义为：

G＝ZZ'/k

其中，Z阵列元素为：0-2p_j、1-2p_j、2-2p_j分别对应基因型DD、DI、II；p_j为等位基因I的频率，Z'为Z矩阵对应的逆矩阵。k定义为：

k＝2∑P_j(1-P_j)

步骤2：构建BLUP(最佳线性无偏估计)育种模型，即用遗传标记构建个体间的关系矩阵，将关系矩阵放入混合模型方程组，计算出个体的基因组估计育种值。BLUP育种模型的动物表型观测值由环境因素和遗传因素组成。BLUP模型的一般数学公式为：

y＝Xb+Zμ+e

其中，y为表型性状观察值；b为固定效应向量(如：环境和生理因素)；μ为随机加性遗传效应向量，即育种值；X和Z分别为固定效应b和随机效应μ的关联矩阵；e为随机残差效应向量。