[发明专利]每液滴多个珠的解决方案

说明书

提供了一种用于检测分区中多个条码化固体支持物存在的方法，该方法包括提供多个分区，其中至少一些分区包含多个固体支持物，其中各个固体支持物被连接至不同的固体支持物寡核苷酸，所述固体支持物寡核苷酸包含对于所述固体支持物独特的条形码；合成所述寡核苷酸的互补序列，以生成具有来自两种固体支持物寡核苷酸的条形码的双链多核苷酸；并测序所述双链多核苷酸的一条或两条链，其中包含两种不同的条形码的序列表明两种固体支持物存在于同一分区中。还提供了用于生产寡核苷酸的组合物和方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年6月7日提交的美国临时申请号62/858,940和2019年6月14日提交的美国临时申请号62/861,959的权益，其全部公开通过引用全文纳入本文以用于所有目的。

以ASCII文本文件提交的″序列表″、表格、或计算机程序表附页的引用

将2020年6月4日于机器型号IBM-PC，MS-Windows操作系统创建的2,812字节的文件094868-1190275-116910PC_SL.TXT中所记载的序列表通过引用全文纳入本文用于所有目的。

发明背景

通过分子条形码的测序和对其分析，在分区中用分子条形码给生物底物加标签可以对共定位到离散分区的底物提供新的生物学了解。增加条码化活性分区(barcodingcompetent partition)(例如液滴)的数量，增加了基于测序的数据点的数量，并将更大部分的输入底物转化为数据。使用珠作为递送载剂，可以将条形码递送进分区，例如液滴。因此，分区中的条形码珠过载产生具有多于一个珠的分区并增加条码化活性分区的百分比，提供更高的底物至测序数据转化率。然而，当两个或更多条形码出现在离散分区中时，底物和数据会在两个条形码之间分开，产生分离的数据点。本公开提供了对分区中存在多于一个条码化珠时产生的问题的解决方案，例如与分离的数据点相关的问题。

发明概述

本文描述了用于检测分区中多个条码化固体支持物的存在的方法，其包含条码化的固体支持物的组合物以及用于生产条码化固体支持物的方法。

一方面，该方法包括，按以下顺序：

a)提供多个分区，其中至少一些分区包含多个固体支持物，每个固体支持物连接至不同的固体支持物寡核苷酸，所述固体支持物寡核苷酸包含对于固体支持物独特的条形码；

b)合成寡核苷酸的互补序列以产生具有来自两种固体支持物寡核苷酸的条形码的双链多核苷酸；

c)测序双链多核苷酸的一条或两条链，其中包含两种不同的条形码的序列表示在所述提供步骤中，两种固体支持物存在于同一分区中。

在一些实施方式中，例如在步骤a)和b)之间从固体支持物裂解包含条形码的固体支持物寡核苷酸。在一些实施方式中，步骤b)在分区内进行。在一些实施方式中，该方法进一步包括在步骤b)之后合并分区的内容物。在一些实施方式中，步骤b)在分区外进行。

在一些实施方式中，步骤b)包括将固体支持物寡核苷酸与R2逆转座酶接触。在一些实施方式中，步骤b)包括将固体支持物寡核苷酸与逆转录酶接触。在一些实施方式中，步骤b)包括将固体支持物寡核苷酸与DNA聚合酶接触。

在一些实施方式中，双链衔接子被添加至双链多核苷酸上。在一些实施方式中，通过将双链多核苷酸与载有衔接子的转座酶或标签化酶接触以添加双链衔接子。

在一些实施方式中，通过单链连接酶添加第二条形码序列。

在一些实施方式中，步骤b)是不依赖模板的。

在一些实施方式中，固体支持物寡核苷酸进一步包含通用引物结合序列。

在一些实施方式中，分区是乳液中的液滴。