[发明专利]基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统

说明书

本发明提供一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，该全基因组分析系统针对新冠病毒的测序数据建立完整的分析流程，针对二代测序和三代测序的测序数据进行质控、基因组覆盖度、变异检测、基因组组装以及基因组完整度的的整体分析，且针对变异检测进行树状的分析。变异检测结果和样本相互关联，更便于对新冠病毒的流行史进行管控，另外，测序分析的分析全过程可视化展示，操作人员在操作界面即可简单地依据操作指令进行分析操作，且分析结果以图表的形式全面展示。

技术领域

本发明涉及基因分析系统，特别涉及一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统。

背景技术

新冠病毒(SARs-CoV)作为传染性非典型肺炎病毒可通过实时-PCR、病毒基因测序或病毒特异性抗体检测进行确诊，通过全基因组测序的方法进行新冠病毒的检测和管控可达到良好的成效。目前，基于电信号检测的纳米孔测序技术是目前实验操作最简单、测序速度最快的高通量测序平台，但是目前采用的测序方法产生的大量原始数据需要长期培训的专业实验人员进行分析，专业实验人员需要通过linuxshell命令行形式去调用多种程序，实现对原始的序列进行过滤、序列比对、微生物物种分类、微生物读序数统计、病原微生物检测、目标物种数据提取、基因组完整度计算等分析工作。这样的缺陷在于需要专业实验人员具有很强的生物信息分析和linux系统操作能力，而且同时每种分析程序都具有不同的选择方案和参数，需要专业实验人员花费大量时间反复摸索调整程序和参数，效率非常低，数据的可视化效果展示存在问题，自动化程度非常低。

总结而言，目前并无针对新冠病毒全基因组分析的简单易操作的测序分析系统，无法快速地对新冠病毒进行变异检测。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，该一体分析系统结合多种分析程序为一体，且操作界面简单明了，实验人员可在短时间内就可以轻松操作该分析系统，另，本分析系统可针对变异基因进行检测，将分析结果和样本信息进行关联，便于对新冠病毒进行管控。

为实现以上目的，本技术方案提供一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，包括：

相互关联的数据分析系统和样本管理系统，数据分析系统用于获取待检测病原体的测序数据以鉴定待检测病原体的种类，样本管理系统用于获取对应待检测病原体的样本信息，测序数据和样本信息关联；

数据分析系统包括：

任务建立单元，建立对应待检测病原体的测序数据的分析任务，其中分析任务存储待检测病原体的测序数据以及分析参数；

参考基因组，存储新冠病毒的参考基因序列；

序列比对单元，获取比对指令，比对测序数据和参考基因组获取待检测病原体的检测序列；

序列分析单元，获取序列分析指令，基于检测序列进行基因组覆盖率、变异检测、基因组组装以及基因组完整度的至少一序列分析任务；

分析报告生成单元，获取报告指令，摘录序列分析单元和序列比对单元的分析结果数据，分析结果数据和样本管理系统关联，生成分析报告。

相较现有技术，本技术方案具有以下特点和有益效果：提供分析过程可视化展示，优化参数调整输入，一键式分析测序结果；整合分析流程，且可提供新冠病毒基因组阴/阳性检测、基因组变异检测；提供图形界面一键式的分析系统以及一键式提供PDF格式检测报告，使得测序序列的数据解读更简单。

附图说明

图1是根据本发明的一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统的框架示意图。

图2是输入数据及分析参数的示意图。

具体实施方式