[发明专利]一种绝经后骨质疏松症相关基因筛选与功能分析方法

权利要求书

1.一种绝经后骨质疏松症相关基因筛选与功能分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)利用GEO数据库筛选符合条件的研究芯片系列：从GEO数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/中寻找绝经后骨质疏松症相关的基因表达芯片结果，搜索条件限定为：(1)绝经后骨质疏松症；(2)种属人源；(3)研究类型为芯片表达谱检测；(4)标本来源为外周血样本，经筛选，两个芯片系列纳入研究：GSE56116和GSE100609，共纳入绝经后骨质疏松症外周血样本样本14例和正常对照样本7例；

2)在基因表达数据库GEO(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载与绝经后骨质疏松症外周血样本基因表达谱数据集：GSE56116和GSE100609，并根据P值0.05和∣log₂FC∣＞0.5的筛选标准筛选差异基因；

3)利用Venn图寻找两个芯片数据集中相同的基因表达结果：选择两个芯片系列中表达差异基因，在GSE56116中发现947个差异基因，在GSE100609中发现413个差异基因；利用在线Venn图制作工具，生成Venn图，两个数据集中有14个重叠的差异基因；

4)利用Metascape和DAVID数据库对14个重叠的差异基因进行GO功能富集分析；

5)通过检索CTD数据库收集与绝经后骨质疏松症相关的核心基因。

2.根据权利要求1所述的绝经后骨质疏松症相关基因筛选与功能分析方法，其特征在于，所述方法还包括利用STRING数据库构建14个重叠差异基因的蛋白质互作网络(PPI)。

3.根据权利要求1所述的绝经后骨质疏松症相关基因筛选与功能分析方法，其特征在于，所述步骤4)中DAVID数据库分析的生物学过程涉及内皮发育，BMP信号传导途径，成纤维细胞生长因子受体信号传导途径，磷脂酰肌醇介导的信号传导和肽基酪氨酸磷酸化；所述差异基因的富集分子功能是蛋白质酪氨酸激酶活性，所述差异基因的富集细胞成分是质膜的细胞内成分；

所述Metascape数据库分析主要富集的显著功能是趋化性，细胞对生长因子刺激的反应以及细胞器组织的正向调节。

4.根据权利要求1所述的绝经后骨质疏松症相关基因筛选与功能分析方法，其特征在于，所述步骤5)中筛选与绝经后骨质疏松症相关的基因包括CDH23，CKLF，CXXC5和RGMA。

5.根据权利要求2所述的绝经后骨质疏松症相关基因筛选与功能分析方法，其特征在于，根据权利要求2构建的蛋白质互作网络，选择含有CXXC5和RGMA的密集模块，所述模块中显示CXXC5与KDR相互作用，而RGMA与BMP2相互作用。

6.一组绝经后骨质疏松症早期诊断的标志物，其特征在于，所述绝经后骨质疏松症早期诊断的候选标志物选自以下CD1E，CDH23，CKLF，CXXC5，IRGC，RGMA，SDAD1和WHAMMP3基因的一种或多种组合。

7.根据权利要求6所述的标志物，其特征在于，所述绝经后骨质疏松症早期诊断的候选标志物包括CDH23，CKLF，CXXC5和/或RGMA基因。

8.根据权利要求7所述的标志物，其特征在于，所述CDH23，CKLF，CXXC5和RGMA基因在绝经后骨质疏松症的血液样本中表达上调。

9.权利要求6～8任一项所述的标志物在制备早期诊断绝经后骨质疏松症试剂盒中的应用。

10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，所述试剂盒包括检测权利要求6～8任一项所述标志物的基因表达水平的试剂。