[发明专利]处理组织样本的方法

说明书

本文提出了用于进行测序的系统和方法，所述测序包含荧光原位测序。在一个实施例中，共焦时间延迟积分(TDI)线扫描成像系统可以包含在图像传感器前方的各种针孔和/或狭缝孔径机构。所述系统还可以包含在基底上具有聚焦条带的结构，其与待成像的组织样本接触。替代地，这些条带可以被切割成组织样本。所述系统还可以包含配置和方法，其中在流动池的组装期间将组织样本放置在流动池的反应室内，然后对组织样本进行化学操作。所述流动池可以使用开放式容器对组织样本进行化学操作。

本申请是申请号为201580056036.4、申请日为2015年10月16日、发明名称为“用于原位遗传分析的光学扫描系统”的发明专利申请的分案申请。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种用于原位遗传分析的光学扫描系统。

背景技术

在常规(即，宽场)荧光显微镜中，整个样品均匀地浸没在来自光源的光中。光路中的样品的所有部分被同时激发，并且通过显微镜的光电检测器或包括大的未聚焦背景部分的相机来检测得到的荧光。与之相比，共焦显微镜在检测器前方的光学共轭平面中使用点照射和针孔，以消除离焦信号。由于只有通过非常接近焦平面的荧光产生的光可以被检测到，图像的光学分辨率，特别是在样本深度方向上的光学分辨率比宽场显微镜好得多。然而，由于来自样本荧光的大部分光在针孔处被阻挡，这种增加的分辨率是以降低信号强度为代价——因此，通常需要长时间的曝光。

目前的基于荧光的合成测序(SBS)系统中使用的一些基于光致发光的扫描仪器(或成像系统)的缺点在于它们具有差的共焦性(即，最多为半共焦)。这些半共焦系统具有低信噪比(S/N比)，并且因此不足以消除样品中的离焦特征。另外，目前的抖动聚焦跟踪方法在成像期间不能保持聚焦。因此，需要新的方法，以用于基于光致发光的SBS系统中的成像(或扫描)。

发明内容

在所附的权利要求(其每一个具有若干方面)的范围内的系统、方法和装置的各种实施方式中，没有单独的一个对本文所述的期望属性负责。在不限制所附权利要求的范围的情况下，本文描述了一些突出特征。

公开了用于进行荧光原位测序的系统和方法。即是说，本文提供的一个实施例是共焦时间延迟积分(TDI)线扫描成像系统，其具有高S/N比和高共焦性，以产生样本的高分辨率图像。在一个示例中，共焦TDI线扫描成像系统包括在图像传感器前方的各种针孔和/或狭缝孔径机构，其中各种针孔和/或狭缝孔径机构用于排斥离焦光。在另一示例中，共焦TDI线扫描成像系统包括在与图像传感器共轭的中间图像平面中的各种针孔和/或狭缝孔径机构。

本文还提供了结构，所述结构包括可以用于在成像期间保持聚焦的聚焦跟踪特征。在一个示例中，提供了在与待成像的组织样本相接触的基底上的聚焦条带的各种配置。在另一示例中，将条带切割成组织样本，从而提供可用作聚焦跟踪特征的基底的暴露的条带。

本文还提供了用于处理流动池中的组织样本的流动池和方法。即是说，本文提供了各种配置和方法，其中在流动池的组装期间将组织样本放置在流动池的反应室内，然后对组织样本进行化学操作。

本文还提供了使用开放式容器对组织样本进行化学操作的流动池。在一个示例中，可以使用基本上“干”的成像过程。在另一示例中，可以使用液体浸没成像过程。

一个或多个实施例的细节在附图和下文的描述中阐述。其他特征、目的和优点将从描述和附图、以及权利要求中变得显而易见。

附图说明

图1图示了根据一个实施例的共焦成像系统的示例的侧视图。

图2图示了图1所示的共焦成像系统的另一配置。

图3图示了图1和图2所示的共焦成像系统的传感器孔径机构的示例的侧视图。

图4A和图4B图示了图1和图2所示的共焦成像系统的传感器孔径机构的另一示例的侧视图。