[发明专利]一种提高GWAS致因突变定位效率的方法

权利要求书

1.一种提高GWAS致因突变定位效率的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)从GWAS得到的显著相关位点分型中筛选纯合突变且表型值高和低的个体，将其分为高组、低组，混合构建DNA混池：

(2)计算LD，根据计算出来的LD确定候选区域；

(3)扩增候选区域的基因外显子、启动子、5’UTR和3’UTR区并进行测序，将测序结果与与所述基因的参考序列对比，筛选出高、低组突变完全不同，或者高、低组套峰峰高按低组→高组组程规律递增/递减的SNP位点做为相关SNP位点；

(4)对步骤(3)得到的相关SNP位点进行分析，将P值小于原显著相关位点的分型位点作为候选致因突变位点，用于后续的验证；

其中，在步骤(2)中，使用PopLDdecay软件对存有GWAS数据的vcf文件进行LD衰减计算；使用R语言ggplot2软件包进行可视化并对PopLDdecay计算的结果进行拟合；根据计算出来的LD，选取LD0.2的上下游距离作为候选区域；

其中，在步骤(4)中使用多重PCR或飞行时间质谱的手段对相关SNP位点进行分型，将分型结果整理成为vcf文件，使用bcftools软件进行vcf文件合并和位点排序；使用Tassel、GEMMA软件重新进行GWAS分析；使用R语言CMplot包对分析结果进行可视化，将P值小于原显著相关位点的分型位点作为候选致因突变位点，用于后续验证。

2.按照权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤(1)中，先将从GWAS得到的显著相关位点分型信息中只保留ID和个体分型结果，删除其他信息；选择1个P值最低且哈德温伯格平衡检验卡方值X²5.991或者P值P0.05的显著相关位点，将其分型结果和表型值一一对应；使用SPSS19.0软件对三种基因型对应的表型值进行单因素方差分析，比较两种纯合基因型的表型值差异和显著性；将两种纯合基因型的表型值从高到低排队，分别选择纯合基因型个体的高、低组作为DNA模板。

3.按照权利要求2所述的方法，其特征在于：将两种纯合基因型的表型值从高到低排队，选择方差分析中高表型纯合基因型中最高的10-15个个体作为高组，选择方差分析中低表型纯合基因型中最低的10-15个个体作为低组；至少选择1个高组和1个低组作为DNA模板。

4.按照权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤(3)中，设计引物扩增候选区域内包含的基因外显子、启动子、5’UTR区和3’UTR区；以DNA混池为模板进行PCR扩增，对PCR扩增的产物进行测序；使用Megalign和Seqman软件对测序结果与所述基因的参考序列进行比对，筛选高、低组突变完全不同，或者高、低组套峰峰高按低组→高组组程规律递增/递减的SNP位点做为相关SNP位点。