[发明专利]一种结、直肠癌转移预测系统及其使用方法在审

专利信息
申请号: 202010226646.7 申请日: 2020-03-27
公开(公告)号: CN111584064A 公开(公告)日: 2020-08-25
发明(设计)人: 韩书文 申请(专利权)人: 湖州市中心医院
主分类号: G16H50/20 分类号: G16H50/20;G16B30/00;G16B40/00
代理公司: 杭州创智卓英知识产权代理事务所(普通合伙) 33324 代理人: 张迪
地址: 313003 *** 国省代码: 浙江;33
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摘要:
搜索关键词: 一种 直肠癌 转移 预测 系统 及其 使用方法
【权利要求书】:

1.一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:包括:

采集单元,用于采集肠癌组织样本;

数据预处理单元,用于差异分析初步筛选特征RNA;

筛选预测模型构建单元,用于根据性能指标和特征数量,筛选特征RNA构建预测模型;

预测模型分析单元,用于分析预测模型中靶向样本的特征RNA。

2.根据权利要求1所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:采集单元中,采集肠癌组织样本后,还包括将肠癌组织样本冻存与-80°冰箱。

3.根据权利要求1所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:数据预处理单元中,差异分析初步筛选特征RNA过程包括:提取肠癌组织样本DNA,通过测序仪对RNA组进行测序,通过生物信息学方法对测序的RNA序列进行RNA注释分析和差异RNA筛选,得出结、直肠癌靶向转移差异RNA数据。

4.根据权利要求3所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:筛选预测模型构建单元中,所有预测模型包括:感知器算法模型、逻辑回归算法模型、随机森林算法模型、梯度提升树算法模型、Catboost算法模型、支持向量机算法模型。

5.根据权利要求4所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:筛选预测模型构建单元中,筛选特征RNA构建预测模型过程包括:将结、直肠癌靶向转移数据带入所有预测模型中,得出所有预测模型的AUC曲线图,根据生成的AUC曲线图中性能指标和特征数量符合率,筛选出一个或多个符合率最高的预测模型。

6.根据权利要求5所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:筛选预测模型构建单元中,还包括训练模型:将大量肠癌组织样本分为训练样本和测试样本,训练样本和测试样本的比例为4:1,将所有样本经过数据预处理单元得出直肠癌靶向转移差异RNA的数据;将训练样本的直肠癌靶向转移差异RNA的数据进行RNA注释分析和差异RNA筛选后,带入筛选出的预测模型中,得出训练后预测模型;将测试样本的直肠癌靶向转移差异RNA的数据进行RNA注释分析和差异RNA筛选后,带入训练后的预测模型中,对该预测模型进行验证,验证成功则训练模型为最终的转移预测模型。

7.根据权利要求6所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:预测模型分析单元中,分析预测模型中的特征RNA过程包括:将待预测器官样本DNA测序后带入转移预测模型中,生成ACU曲线图,对特征RNA的符合率进行判断,根据判断结果得出预测结论。

8.一种如权利要求7所述的结、直肠癌转移预测系统的使用方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)采集样本:采集肠癌组织样本,将肠癌组织样本冻存与-80°冰箱待使用;

(2)对样本进行预处理:提取肠癌组织样本DNA,通过测序仪对RNA组进行RNA注释分析和差异RNA筛选,得出结、直肠癌靶向转移数据;

(3)筛选构建模型:将结、直肠癌靶向转移数据带入所有预测模型中,得出所有预测模型的AUC曲线图,根据生成的AUC曲线图中性能指标和特征数量符合率,筛选出一个或多个符合率最高的预测模型;

(4)训练模型:将大量肠癌组织样本分为训练样本和测试样本,训练样本和测试样本的比例为4:1,将所有样本经过数据预处理单元得出直肠癌靶向转移数据;将训练样本的直肠癌靶向转移的差异RNA数据,带入筛选出的预测模型中,得出训练后预测模型;将测试样本的直肠癌靶向转移数据,带入训练后的预测模型中,对该预测模型进行验证,验证成功则训练模型为最终的转移预测模型;

(5)分析待测靶向样本:将待测靶向样本DNA测序,对测序结果进行RNA注释分析和差异RNA筛选后,带入转移预测模型中,生成ACU曲线图,对特征RNA的符合率进行判断,根据判断结果得出预测结论。

9.根据权利要求8所述的一种结、直肠癌转移预测系统使用方法,其特征在于:步骤(3)中,所有预测模型包括:感知器算法模型、逻辑回归算法模型、随机森林算法模型、梯度提升树算法模型、Catboost算法模型、支持向量机算法模型。

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