[发明专利]一种结、直肠癌转移预测系统及其使用方法在审
| 申请号: | 202010226646.7 | 申请日: | 2020-03-27 |
| 公开(公告)号: | CN111584064A | 公开(公告)日: | 2020-08-25 |
| 发明(设计)人: | 韩书文 | 申请(专利权)人: | 湖州市中心医院 |
| 主分类号: | G16H50/20 | 分类号: | G16H50/20;G16B30/00;G16B40/00 |
| 代理公司: | 杭州创智卓英知识产权代理事务所(普通合伙) 33324 | 代理人: | 张迪 |
| 地址: | 313003 *** | 国省代码: | 浙江;33 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 直肠癌 转移 预测 系统 及其 使用方法 | ||
1.一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:包括:
采集单元,用于采集肠癌组织样本;
数据预处理单元,用于差异分析初步筛选特征RNA;
筛选预测模型构建单元,用于根据性能指标和特征数量,筛选特征RNA构建预测模型;
预测模型分析单元,用于分析预测模型中靶向样本的特征RNA。
2.根据权利要求1所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:采集单元中,采集肠癌组织样本后,还包括将肠癌组织样本冻存与-80°冰箱。
3.根据权利要求1所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:数据预处理单元中,差异分析初步筛选特征RNA过程包括:提取肠癌组织样本DNA,通过测序仪对RNA组进行测序,通过生物信息学方法对测序的RNA序列进行RNA注释分析和差异RNA筛选,得出结、直肠癌靶向转移差异RNA数据。
4.根据权利要求3所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:筛选预测模型构建单元中,所有预测模型包括:感知器算法模型、逻辑回归算法模型、随机森林算法模型、梯度提升树算法模型、Catboost算法模型、支持向量机算法模型。
5.根据权利要求4所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:筛选预测模型构建单元中,筛选特征RNA构建预测模型过程包括:将结、直肠癌靶向转移数据带入所有预测模型中,得出所有预测模型的AUC曲线图,根据生成的AUC曲线图中性能指标和特征数量符合率,筛选出一个或多个符合率最高的预测模型。
6.根据权利要求5所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:筛选预测模型构建单元中,还包括训练模型:将大量肠癌组织样本分为训练样本和测试样本,训练样本和测试样本的比例为4:1,将所有样本经过数据预处理单元得出直肠癌靶向转移差异RNA的数据;将训练样本的直肠癌靶向转移差异RNA的数据进行RNA注释分析和差异RNA筛选后,带入筛选出的预测模型中,得出训练后预测模型;将测试样本的直肠癌靶向转移差异RNA的数据进行RNA注释分析和差异RNA筛选后,带入训练后的预测模型中,对该预测模型进行验证,验证成功则训练模型为最终的转移预测模型。
7.根据权利要求6所述的一种结、直肠癌转移预测系统,其特征在于:预测模型分析单元中,分析预测模型中的特征RNA过程包括:将待预测器官样本DNA测序后带入转移预测模型中,生成ACU曲线图,对特征RNA的符合率进行判断,根据判断结果得出预测结论。
8.一种如权利要求7所述的结、直肠癌转移预测系统的使用方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)采集样本:采集肠癌组织样本,将肠癌组织样本冻存与-80°冰箱待使用;
(2)对样本进行预处理:提取肠癌组织样本DNA,通过测序仪对RNA组进行RNA注释分析和差异RNA筛选,得出结、直肠癌靶向转移数据;
(3)筛选构建模型:将结、直肠癌靶向转移数据带入所有预测模型中,得出所有预测模型的AUC曲线图,根据生成的AUC曲线图中性能指标和特征数量符合率,筛选出一个或多个符合率最高的预测模型;
(4)训练模型:将大量肠癌组织样本分为训练样本和测试样本,训练样本和测试样本的比例为4:1,将所有样本经过数据预处理单元得出直肠癌靶向转移数据;将训练样本的直肠癌靶向转移的差异RNA数据,带入筛选出的预测模型中,得出训练后预测模型;将测试样本的直肠癌靶向转移数据,带入训练后的预测模型中,对该预测模型进行验证,验证成功则训练模型为最终的转移预测模型;
(5)分析待测靶向样本:将待测靶向样本DNA测序,对测序结果进行RNA注释分析和差异RNA筛选后,带入转移预测模型中,生成ACU曲线图,对特征RNA的符合率进行判断,根据判断结果得出预测结论。
9.根据权利要求8所述的一种结、直肠癌转移预测系统使用方法,其特征在于:步骤(3)中,所有预测模型包括:感知器算法模型、逻辑回归算法模型、随机森林算法模型、梯度提升树算法模型、Catboost算法模型、支持向量机算法模型。
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