[发明专利]用于选择功能性适体的方法和组合物

权利要求书

1.一种用于生成功能富集的适体群体的方法，所述方法包括：

（a）使靶细胞与细胞功能的报告分子和在其上固定适体簇文库的多个颗粒（“适体簇颗粒”）接触，其中至少一个子集的固定化适体簇与至少一个子集的靶细胞结合，以形成细胞-适体簇颗粒复合物；

（b）将所述细胞-适体簇颗粒复合物温育足以使细胞-适体簇颗粒复合物中的至少一些靶细胞经历细胞功能的时间段；

（c）使用所述细胞功能的报告分子，检测经历所述细胞功能的细胞-适体簇颗粒复合物；

（d）将步骤（c）中检测到的包含经历所述细胞功能的靶细胞的细胞-适体簇颗粒复合物与其它细胞-适体簇颗粒复合物分离；和

（e）扩增分离的细胞-适体簇颗粒复合物中的适体，以生成功能富集的适体群体。

2.权利要求1的方法，其中步骤（c）和（d）使用流式细胞仪执行。

3.权利要求1或权利要求2的方法，其进一步包括将步骤（d）中分离的细胞-适体簇颗粒复合物中的所述适体簇颗粒与所述靶细胞分离。

4.权利要求3的方法，其进一步包括使分离的适体簇颗粒中的所述适体与所述颗粒解离的步骤。

5.权利要求1至5中任一项的方法，其进一步包括步骤（f）：（i）由步骤（e）的功能富集的适体群体形成适体簇颗粒；并且（ii）使用新近形成的适体簇颗粒重复步骤（a）-（e），以生成进一步功能富集的适体群体。

6.权利要求5的方法，其中步骤（f）重复至少2次。

7.权利要求5的方法，其中步骤（f）重复至少3次。

8.权利要求5的方法，其中步骤（f）重复至少4次。

9.权利要求5-8中任一项的方法，其中步骤（f）进一步包括在相继轮的富集中施加限制性条件。

10.权利要求9的方法，其中所述限制性条件选自：（i）减少颗粒的总数，（ii）减少适体的拷贝数/颗粒，（iii）减少靶细胞的总数，（iv）减少温育期，以及（v）通过使用易错聚合酶扩增适体的群体，将错误引入所述适体序列中。

11.权利要求5-10中任一项的方法，其中与步骤（a）的适体簇文库相比，步骤（f）的进一步富集的适体群体具有减少到1/2的序列多样性。

12.权利要求5-10中任一项的方法，其中每一轮步骤（f）使所述适体群体中调节细胞功能的适体富集到至少1.1倍。

13.权利要求1-12中任一项的方法，其进一步包括在步骤（e）之后，经由测序鉴定富集的适体群体的步骤。

14.权利要求1-13中任一项的方法，其进一步包括在步骤（a）之前，生成所述适体簇颗粒的步骤。

15. 权利要求14的方法，其中生成所述适体簇颗粒的步骤包括：

（1）将来自适体文库的多个适体固定在颗粒表面上；和

（2）在颗粒表面上局部地扩增多个固定化适体，以形成所述适体簇颗粒。

16.权利要求15的方法，其中使用乳液PCR在步骤（2）中扩增所述多个固定化适体。

17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述适体簇中的适体包含具有分子帽的未暴露的单链核酸序列。

18.权利要求1-17中任一项的方法，其中使用乳液PCR制备固定在所述适体簇颗粒上的适体簇。