[发明专利]用于糖肽鉴定的方法、装置和计算机可读介质

权利要求书

1.一种用于鉴定样品中糖肽的方法，所述方法包括：

将所述样品的MS1前体的质谱转换为图中的多于一个节点，每个节点对应所述样品中待被鉴定的糖肽的一个质量和一个保留时间；

计算图中的节点对的所有组合之间的质量的差异和计算该所有组合之间的保留时间的差异；

产生节点的图论网络，其中产生的图论网络包括与节点对的所有组合之间的计算的质量的差异和该所有组合之间的计算的保留时间的差异对应的图论边，使得在计算的保留时间中，相邻的图论边具有不同的质量；和

基于产生的节点的图论网络预测所述样品中糖肽的组成，从而鉴定糖肽。

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括：

对于所述图的每个节点，将所述节点设置为中心节点并将所有其他节点设置为臂节点，并且将所述中心节点与所述臂节点连接以形成节点对。

3.根据权利要求1所述的方法，其中产生所述节点的图论网络的步骤包括：

保留多于一个节点对，其中被保留的多于一个节点对的每一个之间的质量差异等于已知聚糖附着列表中的聚糖附着质量，和/或被保留的多于一个节点对的每一个之间的保留时间差异小于保留时间阈值。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述已知聚糖附着列表包括以下的一个或更多个：N-乙酰基己糖胺、唾液酸、己糖和脱氧己糖。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述N-乙酰基己糖胺包括N-乙酰基葡糖胺和N-乙酰基半乳糖胺，所述唾液酸包括N-乙酰基神经氨酸和N-羟乙酰基神经氨酸，所述己糖包括甘露糖和半乳糖；并且所述脱氧己糖包括岩藻糖。

6.根据权利要求3至5中任一项所述的方法，其中所述保留时间阈值为50秒。

7.根据权利要求3至5中任一项所述的方法，其中所述保留时间阈值基于在获得所述样品的MS1前体之前使用的液相色谱装置的分离性能是可变的。

8.根据权利要求3至5中任一项所述的方法，所述方法还包括：

提取被保留的多于一个节点对作为一个或更多个节点子图，每个节点子图与其他节点子图分离；

其中每个节点子图代表一组糖肽，所述糖肽共享具有不同聚糖附接的相同肽骨架，和

其中所述节点的图论网络包括所述一个或更多个节点子图。

9.根据权利要求8所述的方法，其中预测糖肽组成的步骤包括：

鉴定每个节点子图中肽骨架的序列；

基于所鉴定的序列计算肽骨架的质量；和

通过基于子图中每个节点对之间质量和/或保留时间的差异鉴定糖肽的聚糖附着，来预测糖肽的组成。

10.根据权利要求8所述的方法，所述方法还包括：

对于每个节点子图，选择参考节点；

鉴定子图的参考节点的序列；和

基于子图中每个节点对之间质量和/或保留时间的差异和所述参考节点的序列预测子图中剩余节点的组成。

11.根据权利要求10所述的方法，其中预测子图中剩余节点的组成的步骤包括：

基于子图中每个节点对之间质量和/或保留时间的差异预测子图中剩余节点的相对组成；和

通过将所述剩余节点的相对组成与所述参考节点的序列合并，预测子图中所述剩余节点的绝对组成。

12.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括：

将所预测的糖肽的组成提供至数据库，所述数据库包括已知聚糖和肽的组成；和

基于所述数据库进行一次或更多次搜索以鉴定所述样品中的糖肽。