[发明专利]一种提取免疫治疗新抗原的方法及系统

说明书

本发明公开了一种提取免疫治疗新抗原的方法及系统，其中方法包括：步骤S1：获取样本肿瘤组织与样本正常组织的常规蛋白质组；步骤S2：获取样本肿瘤组织与样本正常组织的碱基单体单元序列库以及样本肿瘤组织的特异蛋白质组；步骤S3：基于样本肿瘤组织的常规蛋白质组、样本肿瘤组织的特异蛋白质组和人类白细胞抗原HLA分子分型，获得若干候选的肿瘤特异性新抗原；步骤S4：基于所获取的若干候选的肿瘤特异性新抗原，分别计算其在样本肿瘤组织常规蛋白质组、样本正常组织常规蛋白质组、样本肿瘤组织碱基单体单元序列库与样本正常组织碱基单体单元序列库中的存在情况，并与基因表达变化倍数作为过滤规则，获得肿瘤特异性新抗原。从来源上讲，通过本发明的方案发现的肿瘤特异新抗原部分来自基因组非编码区，而不局限于编码区，因此可以发现更多的新抗原。

技术领域

本发明涉及肿瘤免疫治疗技术领域，特别涉及一种提取免疫治疗新抗原的方法及系统。

背景技术

目前，恶性肿瘤是对人类危害最严重的疾病之一。针对恶性肿瘤的治疗方法在过去几十年中得到了不断地丰富和发展。目前常规的恶性肿瘤治疗方法包括手术、放疗、化疗及靶向治疗，然而以上治疗手段都有一定的局限性并且容易受到毒副作用和肿瘤复发的影响。

近年来，基于激活免疫系统从而抑制和杀伤肿瘤细胞的免疫治疗方法成为了恶性肿瘤领域新的热点。主要的免疫治疗方法根据其作用机理可以分为三类：

(1).通过抑制免疫系统的抑制信号从而激活免疫系统的免疫检查点抑制剂，

(2).通过修饰T淋巴细胞使其识别特定抗原的过继性细胞免疫治疗，

(3).通过预测肿瘤特异抗原，并根据所预测特异抗原制备疫苗或体外刺激T细胞以回输体内的基于新抗原的免疫治疗方法。

与免疫检查点抑制剂和过继性细胞免疫治疗相比，基于新抗原的免疫治疗方法具有作用范围广和毒副作用小等特点。目前新抗原的预测包括分析肿瘤及正常组织的全外显子组测序和转录组测序数据，鉴定蛋白质编码区的DNA突变及人类白细胞抗原亚型，利用生物信息方法获得由突变DNA所翻译的突变多肽，并最终预测突变多肽是否能被人类白细胞抗原被提呈到细胞表面。尽管由以上方法预测的新抗原在肿瘤突变负荷较大的肿瘤中(比如黑色素瘤)展现了良好的临床效果。然而对于肿瘤突变负荷较小的恶性肿瘤，则可能因为被预测出的新抗原数目较少而限制肿瘤新抗原疫苗配方的选择。因此扩大现有新抗原预测的筛选范围对于新抗原的临床应用便具有重要的意义。

发明内容

针对存在的上述问题，综合考虑了被注释为非蛋白质编码区域的肿瘤特异RNA产生突变多肽类的可能性，本发明提供了一种提取免疫治疗新抗原的方法。

本发明提供的一种提取免疫治疗新抗原的方法，包括：

步骤S1：获取样本肿瘤组织与样本正常组织的常规蛋白质组；

步骤S2：获取样本肿瘤组织与样本正常组织的碱基单体单元序列库以及样本肿瘤组织的特异蛋白质组；

步骤S3：基于所述样本肿瘤组织的常规蛋白质组、样本肿瘤组织的特异蛋白质组和人类白细胞抗原HLA分子分型，获得若干候选的肿瘤特异性新抗原；

步骤S4：基于所获取的若干候选的肿瘤特异性新抗原，分别计算若干所述候选的肿瘤特异性新抗原的特征值，利用预设的规则过滤，获得肿瘤特异性新抗原。

可选的，S1获取样本肿瘤组织与样本正常组织的常规蛋白质组包括：

步骤S11：检测样本肿瘤组织与样本正常组织转录本单碱基变异；

步骤S12：计算样本肿瘤组织与样本正常组织中转录本的表达水平；

步骤S13：构建样本肿瘤组织与样本正常组织突变外显子组；

步骤S14：翻译样本肿瘤组织与样本正常组织突变外显子组。