[发明专利]液滴单细胞转录组测序数据降噪方法、装置和存储介质

权利要求书

1.一种液滴单细胞转录组测序数据降噪方法，其特征在于，所述方法包括：

通过Cell Ranger对液滴进行估计，得到待过滤液滴集合，其中，所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，是Cell Ranger的估计结果为包含细胞的液滴；

根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，其中，所述预设过滤阈值根据分析所述待过滤液滴的UMI数目、所述待过滤液滴的基因数目、所述待过滤液滴的线粒体基因占比、所述待过滤液滴的核糖体基因占比以及受细胞分离影响基因占比中的一个或多个的分析结果设置；

根据液滴的mRNAs分子的污染分析结果对待规范液滴集合中待规范液滴进行基因过滤，得到规范化的液滴集合，其中，所述规范化的液滴集合用于数据分析；

所述根据液滴的mRNAs分子的污染分析结果对待规范液滴集合进行基因过滤，得到规范化的液滴集合，包括：

根据液滴的mRNAs分子的污染分析结果，确定测序影响基因，其中，所述测序影响基因包括线粒体基因、核糖体基因、受细胞分离影响基因以及所有基因中基因表达的细胞占总细胞的比例大于预设阈值的基因中的一种或几种；

去除所述待规范液滴集合中待规范液滴的测序影响基因，得到规范化的液滴集合。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，包括：

根据待过滤液滴的单一分子标识符UMI数目的箱线图异常值截断点确定UMI数目的过滤上阈值；

使用所述UMI数目的过滤上阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，包括：

根据待过滤液滴的基因数目的箱线图异常值截断点确定基因数目过滤的上阈值；

使用预设的基因数目的过滤下阈值和所述基因数目过滤的上阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，包括：

根据待过滤液滴的线粒体基因占比的箱线图异常值截断点确定线粒体基因占比的过滤上阈值；

使用所述线粒体基因占比的过滤上阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，包括：

根据待过滤液滴的核糖体基因占比的箱线图异常值截断点确定核糖体基因占比的过滤上阈值；

使用所述核糖体基因占比的过滤上阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设过滤阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴，得到待规范液滴集合，包括：

根据受细胞分离影响基因占比的箱线图异常值截断点确定受细胞分离影响基因占比的过滤上阈值；

使用所述受细胞分离影响基因占比的过滤上阈值过滤所述待过滤液滴集合中的待过滤液滴。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：

可视化输出所述Cell Ranger的估计结果；和/或，

可视化输出所述待过滤液滴的UMI数目、待过滤液滴的基因数目、待过滤液滴的线粒体基因、待过滤液滴的核糖体基因以及受细胞分离影响基因占比中的一个或多个的分析结果；和/或，

可视化输出所述液滴的mRNAs分子的污染分析结果。