[发明专利]复杂样本的蛋白检测方法

说明书

本发明提供了一种复杂样本的蛋白检测方法，该方法包括：对复杂样本进行色谱分离以及质谱扫描采集质谱数据，在质谱扫描采集质谱数据的过程中，采用DDA模式扫描采集的过程中穿插PRM模式的扫描采集；对质谱数据中的蛋白进行定性和定量分析，获得复杂样本的全谱蛋白的表达信息。通过对现有的两种质谱数据的采集模式进行调整，在DDA采集过程中穿插PRM采集模式对目标蛋白进行更准确地定量，在较短的时间范围内既获得了此类样本的全谱蛋白表达情况，也获得了目标蛋白的更准确的定量。该方法兼顾了DDA采集模式下蛋白全谱覆盖的高通量和PRM采集模式下靶向定量的高灵敏度和精确度的优点，且操作简单、耗时少、实验周期短。

技术领域

本发明涉及蛋白表达量检测领域，具体而言，涉及一种复杂样本的蛋白检测方法。

背景技术

数据依赖性采集(Data Dependent acquisition，DDA)是目前最常用的质谱数据采集模式，无需预先设定离子信息、或建立谱图数据集，应用过程方便快捷。根据检测样本的实时信号强度对不同的离子进行碎裂扫描，能够在一定程度上保证检测样本中离子种类的完整性。但根据实时信号强度进行离子采集，使得一些丰度较低的离子在定量过程中出现可信度偏低或丢失的现象。

平行反应监测(Parallel reaction monitoring，PRM)属于质谱靶向分析，在整个液相分离过程中会不断地对每一个目标母离子的全部碎片离子图谱进行记录。相比于传统SRM只检测目标离子对的模式，PRM检测所选择的母离子窗口内的所有碎片信息。PRM主要的优势就是使用了超高分辨率的Orbitrap质量分析器，其能够将干扰信息与真实的信号进行区分，以及相比于传统的SRM方法能够更好的保证分析的选择性。但目前还无法在较短时间内完成上千个蛋白质的靶向检测工作。

目前，针对组织、细胞以及体液等复杂样本中蛋白复杂度较高，同时该样本中的目的肽段丰度较低的情况下，想要快速高效地获得此类样本的全谱蛋白的表达量数据，仍无有效的解决方案。

发明内容

本发明的主要目的在于提供一种含复杂蛋白的样本的蛋白检测方法，以解决现有技术中无法在较短时间内完成复杂样本中全谱蛋白表达检测的问题。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种复杂样本的蛋白检测方法，该方法包括：对复杂样本进行色谱分离以及质谱扫描采集质谱数据，其中，在质谱扫描采集质谱数据的过程中，采用DDA模式扫描采集的过程中穿插PRM模式的扫描采集；对质谱数据中的蛋白进行定性和定量分析，获得复杂样本的全谱蛋白的表达信息。

进一步地，在复杂样本中，目标蛋白的靶向肽段所对应的时间窗口进行PRM模式的扫描采集；优选地，采用四级杆质谱仪或三合一质谱仪进行DDA模式扫描和PRM模式的扫描采集。

进一步地，对质谱数据中的蛋白定量进行分析的步骤包括：利用DDA模式采集的质谱数据根据一级色谱峰面积进行定量分析；利用PRM模式采集的质谱数据根据靶向肽段的中前三高的二级碎片离子的加和进行定量分析。

进一步地，采用色谱分析柱对复杂样本进行色谱分离，其中色谱分析柱包括：色谱柱管，色谱柱管的外径为355～365μm，内径为100～200μm；填充于色谱柱管内的填料，填料为C18填料；以及与色谱柱管一体化设计的色谱柱尖。

进一步地，色谱柱管的长度为150～300mm。

进一步地，色谱柱尖的内径(指色谱柱尖的最尖端位置的内径)为2～8μm，优选为3～6μm；优选地，填料的粒径为1.5～3μm，优选为1.8～2.5μm。

进一步地，色谱分离的步骤中，采用75～150min的色谱分离梯度进行分离。

进一步地，复杂样本为组织样本、细胞样本或者体液样本。

进一步地，复杂样本为植物样本、动物样本或微生物样本。