[发明专利]一种基于基因SNP位点突变的蛋白结构局部三维建模的方法

权利要求书

1.一种基于基因SNP位点突变的蛋白结构局部三维建模的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)找到SNP突变位点所在位置；

(2)局部建模序列的生长：基于Matlab软件编程“for”循环，每次循环突变位点氨基酸左右两侧各增加1个氨基酸之后执行步骤(3)，其中各参数为：

i：循环次数；

a：突变位点氨基酸；

n：氨基酸序列a的长度；

n＝a±i；每次循环之后更新原有氨基酸序列，其中，+表示在原有氨基酸序列右侧增加新的氨基酸，-表示左侧增加新的氨基酸；

最后i++,每次循环之后，更新i；

(3)对每次更新出来的氨基酸序列进行建模，若形成蛋白结构域，则结束“for”循环，执行步骤(4)，否则执行步骤(2)；

(4)观察蛋白突变前后结构的变化，并预测功能变化。

2.根据权利要求1所述的一种基于基因SNP位点突变的蛋白结构局部三维建模的方法，其特征在于，所述步骤(1)中，找到SNP突变位点所在位置的方法为：首先采用建模工具建立出原始的pdb空间坐标文件的蛋白质结构模型，然后利用VAST search工具将pdb文件转化成val文件，并使用Cn3D阅读器将立体结构展示出来，观察并确定SNP突变位点所在位置。

3.根据权利要求1或2所述的一种基于基因SNP位点突变的蛋白结构局部三维建模的方法，其特征在于，建模工具为密歇根大学Zhang Lab开发的QUARK软件。