[发明专利]一种肿瘤新生抗原的筛选方法在审

专利信息
申请号: 201910242904.8 申请日: 2019-03-28
公开(公告)号: CN111755067A 公开(公告)日: 2020-10-09
发明(设计)人: 雷俊卿;苏小平;秦汉楠 申请(专利权)人: 格源致善(上海)生物科技有限公司
主分类号: G16B20/20 分类号: G16B20/20;G16B30/00
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 200234 上海市徐*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 一种 肿瘤 新生 抗原 筛选 方法
【权利要求书】:

1.一种肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,具体步骤如下:

步骤一,选择肿瘤体细胞的变异类型;

步骤二,对肿瘤体细胞进行RNA变异分析;

步骤三,分别对正常血液和肿瘤体细胞进行MHC分子分析;

步骤四,对肿瘤体细胞进行RNA表达分析;

步骤五,对肿瘤体细胞进行变异注释;

步骤六,对肿瘤体细胞的变异驱动基因进行分析;

步骤七,对肿瘤体细胞进行HLA分子结合亲和力预测;

步骤八,对肿瘤体细胞进行突变频率的分析;

步骤九,对候选肿瘤新生抗原进行综合打分排序;

步骤十,对候选肿瘤新生抗原的合成难易度进行分析;

步骤十一,综合步骤九和步骤十的结果选择最终的肿瘤新抗原。

2.根据权利要求1所述的肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,所述步骤一中肿瘤体细胞的变异类型包括肿瘤体细胞的DNA点突变、插入缺失突变以及移码突变。

3.根据权利要求1所述的肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,所述步骤五中变异注释包括肿瘤体细胞变异中的点突变的变异注释、插入缺失突变的变异注释以及移码突变的变异注释。

4.根据权利要求1或2所述的肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,所述步骤六中为对肿瘤体细胞中的点突变、插入缺失突变以及移码突变进行变异驱动基因的分析。

5.根据权利要求1所述的肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,所述步骤七中为依据肿瘤体细胞的HLA分子类型、突变肽段预测步骤获得的突变预测肽段以及突变预测肽段对应的野生型肽段序列对肿瘤体细胞进行HLA分子结合亲和力预测。

6.根据权利要求1或3所述的肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,所述步骤九中打分排序的依据为肿瘤体细胞的MHC亲和力、肿瘤体细胞抗原表达丰度和野生型肽对比程度、肿瘤体细胞的突变频率、肿瘤体细胞是否为RNA突变以及是否是肿瘤驱动基因。

7.根据权利要求1所述的肿瘤新生抗原的筛选方法,其特征在于,所述步骤十中依据分子量、等电点、PH值为7时的静电荷、平均亲水性以及亲水残基比对候选肿瘤新生抗原的合成难易度进行分析。

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