[发明专利]用于同时多变量特征选择、特征生成和样本聚类的方法

权利要求书

1.一种基因组/蛋白质组测试综合设备，包括：

计算机(16、18)；以及

非瞬态存储介质(14)，其存储指令，所述指令能够由所述计算机读取和执行以执行基因组/蛋白质组测试综合方法，所述基因组/蛋白质组测试综合方法包括：

接收包括对应于人的样本的基因组/蛋白质组数据集(12)，其中，每个样本包括根据针对对应的人的基因组/蛋白质组数据导出的一组特征中的特征的值；

针对每个特征，生成(30)针对所述特征的样本密度对特征值的核密度估计(KDE)(52)；并且

使用所述KDE在所述特征上执行多变量分析(32、34)以生成一组鉴别性特征(36、38)。

2.根据权利要求1所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，其中，所述KDE(52)采用高斯核。

3.根据权利要求1-2中的任一项所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，其中，对多变量分析的执行包括：

使用所述KDE(52)的能量谱密度(ESD)在所述特征上执行多变量分析(32)以生成基于ESD的一组鉴别性特征(36)。

4.根据权利要求1-3中的任一项所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，其中，对多变量分析的执行包括：

使用所述KDE(52)中的峰值位置在所述特征上执行多变量分析(34)以生成基于峰值位置的一组鉴别性特征(38)。

5.根据权利要求1-4中的任一项所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，其中，对多变量分析的执行包括：

基于所述KDE(52)的特性(54、56)将所述一组特征中的特征分组(60、70)到多个特征组中；

针对每个特征组，使用所述特征组中的所述特征来执行对所述样本的聚类(64、74)以生成针对所述特征组的样本聚类；

基于相同样本聚类中的样本之间的成对距离来计算针对每个鉴别性特征的评分，其中，所述成对距离是使用针对所述样本的所述鉴别性特征的值计算的；并且

基于所述评分来生成所述一组鉴别性特征(36、38)。

6.根据权利要求1-5中的任一项所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，其中，对多变量分析的执行包括：

应用核主成分分析(KPCA)(62、72)以非线性地变换所述一组特征。

7.根据权利要求1-6中的任一项所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，还包括：

显示器(20)，其操作地与所述计算机(16、18)连接；

其中，所述基因组/蛋白质组测试综合方法还包括通过包括以下项的操作来呈现针对至少一个鉴别性特征的结果：

基于针对所述对应的人的感兴趣临床数据将所述基因组/蛋白质组数据集(12)的所述样本的至少标记子集划分到两个或更多个临床组中；

针对每个临床组，生成针对所述鉴别性特征的所述临床组中的样本的样本密度对鉴别性特征值的KDE；并且

在所述显示器上显示图形，所述图形绘制针对所述鉴别性特征的相应临床组中的样本的样本密度的所述KDE。

8.根据权利要求7所述的基因组/蛋白质组测试综合设备，其中，所述呈现不包括呈现针对所述一组特征中不属于所述一组鉴别性特征的任何特征的结果。

9.一种存储指令的非瞬态存储介质(14)，所述指令能够由电子处理器(16、18)读取和执行以执行基因组/蛋白质组测试综合方法，所述基因组/蛋白质组测试综合方法包括：

接收包括对应于人的样本的基因组/蛋白质组数据集(12)，其中，每个样本包括根据针对对应的人的基因组/蛋白质组数据导出的一组特征中的特征的值；

针对每个特征，在针对所述基因组/蛋白质组数据集的所述样本的所述特征的所述值上执行单变量分析(30)以生成针对所述特征的样本密度对特征值数据集(52)；并且

使用所述样本密度对特征值数据集在所述特征上执行多变量分析(32、34)以生成至少一组鉴别性特征(36、38)。