[发明专利]使用临床知识来改善对下一代测序的使用

说明书

本文公开了一种确保在复杂的治疗决策中最佳地使用下一代测序(NGS)的方法(100)。这种方法可以包括：识别(105)符合条件进行下一代测序的受感染患者；确定(110)针对受感染患者的患者护理轨迹，其中，轨迹是根据对受感染患者与医疗资源的物理接触的数据库记录来确定的；对来自受感染患者的分离株进行测序(115)；在测序的同时，识别(120)有感染风险的额外患者，确定(125)受感染患者的患者护理轨迹与额外患者的患者护理轨迹的重叠，以及基于重叠以及针对额外患者的临床数据点来确定(130)对额外患者的感染风险；确定(135)对额外患者的更新的传播风险；以及使(140)计算设备绘制对一个或多个额外患者的更新的传播风险的输出。

技术领域

本文所述的各种实施例通常涉及医疗。更具体地，但非排他性地，本文公开的各种方法和装置涉及确保在复杂的治疗决策中最佳地使用下一代测序。

背景技术

基于下一代测序(以下简称为“NGS”)进行病原体识别所需的时间和准确性影响了利用NGS的临床效用。必须迅速做出复杂的治疗决策(例如，是否隔离患者或者更改对患者的抗生素治疗方案)，并且有可能需要做出权衡，并且这种权衡也可能对受感染患者相对于抗生素管理的总体目标有益。

医院感染或医院获得性感染会导致医疗费用增加和临床效果差。通过检查传染性生物体的基因组的快速进化区域的差异，NGS技术具有将未作为主要医疗问题的部分的传播的病原体与在医疗环境中传播的病原体区分开的能力。在理想情况下，将对每个可疑感染者进行测序；然而，这是不切实际的，因为一定比例的寄主将是无症状的，并且NGS的成本当前还过高。是否对病原体进行测序的决定会影响到感染控制监测活动的成本和敏感性。因此，鉴于其高成本和延迟性，在本领域中需要确保NGS被有效且高效地用于传染病的控制和监测。

发明内容

本申请公开了权利要求中记载的特征和/或以下特征中的一个或多个特征，这些特征可以以单独方式或任何组合方式包括可专利性主题。本文描述了用于确保在复杂的治疗决策中最佳地使用下一代测序的技术。在各种实施例中，当确定患者被感染时，可以例如基于患者的健康状况/剧烈程度和/或患者的医疗轨迹来确定是否需要NGS。并且如果启动了NGS，则可以执行本文所述的各种技术以确保尽可能有效且高效地使用从NGS获得的知识。

在一个方面中，一种使用一个或多个处理器实施的方法包括：识别符合条件进行下一代测序的受感染患者；基于医院数据库来确定针对所述受感染患者的患者护理轨迹，其中，所述患者护理轨迹是根据对所述受感染患者与医疗资源的物理接触的一个或多个数据库记录来确定的；对来自所述受感染患者的分离株进行测序；在所述测序的同时，识别有感染风险的一个或多个额外患者，其中，所述识别包括：基于所述医院数据库来确定所述受感染患者的所述患者护理轨迹与所述一个或多个额外患者的一个或多个额外患者护理轨迹的重叠，以及基于所述重叠以及针对所述一个或多个额外患者中的每个额外患者的多个临床数据点来确定对所述一个或多个额外患者的感染风险；基于来自经测序的分离株的序列数据以及对所述一个或多个额外患者的所述感染风险来确定对所述一个或多个额外患者的更新的传播风险；以及使一个或多个计算设备绘制输出，所述输出包括对所述一个或多个额外患者的所述更新的传播风险的用户可解读表示。

在一些实施例中，所述医疗资源包括病房、病床或手术室中的一个或多个。在其他实施例中，所述医疗资源包括与所述受感染患者接触的一个或多个护理人员。在其他实施例中，所述医疗资源包括由所述受感染患者或医务人员用于处置所述受感染患者的医疗仪器的一个或多个零件。

在一些实施例中，针对所述一个或多个额外患者中的每个患者的所述多个临床数据点包括由以下各项组成的组中的一个或多个：年龄、性别、免疫力虚弱、入院类型、当前的抗生素使用情况、终生的抗生素使用情况或病史。在其他实施例中，针对所述一个或多个额外患者中的每个患者的所述多个临床数据点包括一个或多个实时生理参数。在一些实施例中，所述一个或多个实时生理参数包括由以下各项组成的组中的一个或多个：血压、心率、血液氧合状况或温度。