[发明专利]一种检测肿瘤组织中正常组织含量和肿瘤拷贝数的方法

说明书

本发明属于基因组学数据分析领域，尤其涉及一种检测肿瘤组织中正常组织含量和肿瘤拷贝数的方法，其特征在于经过获取BAF值步骤、确定BAF值的条件步骤，再根据公式得到所需要正常组织含量和肿瘤拷贝数值。本发明中检测方法用BAF值推算出CNV重复和缺失区域的肿瘤组织或正常组织含量，并可同时获得肿瘤的CNV值。公式简单，该检测方法很容易在临床基因检测中使用，易于推广。

技术领域

本发明属于基因组学数据分析领域，尤其涉及一种检测肿瘤组织中正常组织含量和肿瘤拷贝数的方法。

背景技术

实体肿瘤的组织样本中，绝大多数情况下都含有一些正常组织，这是在活检取样过程中一个经常遇到的问题。在癌症的临床基因检测中，就有必要知道其正常组织的含量。同时，正常组织的含量的多少也会影响对肿瘤的拷贝数（Copy Number Variants, CNV）的计算。这是一个所有临床基因检测实验室需要解决的困难。

DNA拷贝数的变化（CNV）是癌症的一个主要治病原因，因此成为基因检测的一个重要指标。CNV目前的常用检测平台和金标准是基因芯片（microarray）。随着DNA二代测序（NGS）在基因组学领域的广泛应用，直接从NGS数据获得CNV结果已经逐渐在科研和临床检测中使用，并有最终取代基因芯片的势头。不论使用基因芯片还是NGS，CNV的计算都是来自于两种数据，log2Ratio和B-Allele Frequency（BAF）。log2Ratio用于计算CNV片段，BAF则用于计算杂合体的缺失（ Loss of heterozygosity, LOH）和等位基因的失衡（AllelicImbalance）。

发明内容

针对上述问题，本发明提供一种检测肿瘤组织中正常组织含量和肿瘤拷贝数的方法，用BAF值推算出CNV重复和缺失区域的肿瘤组织或正常组织含量，并可同时获得肿瘤的CNV值。公式简单，该检测方法很容易在临床基因检测中使用，易于推广。

解决以上技术问题的本发明中的一种检测肿瘤组织中正常组织含量和肿瘤拷贝数的方法，其特征在于：包括以下步骤：

（1）获取BAF值；根据基因芯片或NGS数据得到BAF值；

（2）确定BAF值的条件：CNV一个缺失片段的BAF值，CNV 重复片段的BAF值；

（3）根据公式得到所需要正常组织含量和肿瘤拷贝数值：

a)当肿瘤组织有一个CNV缺失时（CN Loss = 1, 而且假定缺失的是n_B），

，

（其中，BAF值采用两条代表杂合体的BAF带的下端一条带（0 BAF 0.5 ）；c是肿瘤组织的含量（正常组织含量因此是 1 –c），n_A和n_B分别是等位基因A和B的CNV 值）；

b)当肿瘤组织的CNV重复时（CN Gain =1），

假定n_B = 1，只有n_A重复，这样下端的BAF一条带（0 BAF 0.5 ）就反映了n_A的变化。

定义：（Total Copy Number），

其中，n_t为总拷贝数；

此时，。

优化方案中，所述当CNV重复区域的nt出现多个可能值时，比较其对应的c值与CNV缺失区域的c值，同时参考其log2Ratio值。