[发明专利]测序数据的处理方法及装置

权利要求书

1.一种测序数据的处理方法，其特征在于，包括：

拆分三代测序数据，得到至少一个子测序数据；

将任意一个所述子测序数据比对到参考基因组，得到所述任意一个子测序数据对应的比对结果；

合并得到的所有比对结果，得到合并结果；

在合并得到的所有比对结果，得到合并结果之后，所述方法还包括：

从所述合并结果中提取比对到至少两个contig的比对结果；

根据所述比对结果确定所述contig在Pacbio read上的方向，并计算具有连接关系的两个contig之间的gap距离；

将任意一个所述子测序数据比对到参考基因组，得到所述任意一个子测序数据对应的比对结果，包括：

使用Mecat或minimap2对所述子测序数据进行比对；

将Mecat的结果和minimap2的结果改成M1文件格式；

将M1文件格式的所述Mecat的结果和所述minimap2的结果进行整合，得到所述比对 结果。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将任意一个子测序数据比对到参考基因组，得到所述任意一个子测序数据对应的比对结果，包括：

使用高速比对软件对拆分得到的任意一个子测序数据进行比对。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在根据所述比对结果确定所述contig在Pacbio read上的方向，并计算所述具有连接关系的两个contig之间的gap距离之后，所述方法还包括：

根据所述contig在Pacbio read上的方向以及所述具有连接关系的两个contig之间的gap距离，从最大的contig开始连接scaffold，得到测序基因组。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，拆分得到每个所述子测序数据均为相同大小的fasta文件，其中，对所述相同大小的fasta文件进行并行的基因比对。

5.一种测序数据的处理装置，其特征在于，包括：

拆分模块，用于拆分三代测序数据，得到至少一个子测序数据；

处理模块，用于将任意一个所述子测序数据比对到参考基因组，得到所述任意一个子测序数据比对结果；

合并模块，用于合并得到的所有比对结果，得到合并结果；

提取模块，用于从所述合并结果中提取比对到至少两个contig的比对结果；

确定模块，用于根据所述比对结果确定所述contig在Pacbio read上的方向；

计算模块，用于计算具有连接关系的两个contig之间的gap距离，所述处理模块用于：

使用Mecat或minimap2对所述子测序数据进行比对；

将Mecat的结果和minimap2的结果改成M1文件格式；

将M1文件格式的所述Mecat的结果和所述minimap2的结果进行整合，得到所述比对 结果。

6.根据权利要求5所述的装置，其特征在于，所述处理模块，包括：

比对模块，用于使用高速比对软件对拆分得到的任意一个子测序数据进行比对。

7.根据权利要求5所述的装置，其特征在于，所述装置还包括：

连接模块，根据所述contig在Pacbio read上的方向以及所述具有连接关系的两个contig之间的gap距离，从最大的contig开始连接scaffold，得到测序基因组。

8.根据权利要求5所述的装置，其特征在于，拆分得到每个所述子测序数据均为相同大小的fasta文件，其中，对所述相同大小的fasta文件进行并行的基因比对。