[发明专利]用于基于不一致性度量根据生物数据的亚群检测的方法、系统和装置在审
申请号: | 201780030793.3 | 申请日: | 2017-05-11 |
公开(公告)号: | CN109155151A | 公开(公告)日: | 2019-01-04 |
发明(设计)人: | K·沃良斯基;N·迪米特罗娃;Y·毛 | 申请(专利权)人: | 皇家飞利浦有限公司 |
主分类号: | G16B40/30 | 分类号: | G16B40/30 |
代理公司: | 永新专利商标代理有限公司 72002 | 代理人: | 李光颖;王英 |
地址: | 荷兰艾*** | 国省代码: | 荷兰;NL |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 不一致性 亚群 生物数据 分区 生物有机体 度量 集群 样本 度量计算 检测 非零 汇编 分配 评估 | ||
1.一种用于检测至少一种生物有机体的成分的亚群的系统(100),包括:
至少一个硬件处理器(105),其被配置为获得所述至少一种生物有机体的所述成分的生物数据样本的多个分区,所述多个分区中的每个分区定义所述成分的所述生物数据样本的各自数量的集群;以及
非瞬态存储介质(108),其被配置为存储所述多个分区,
其中,所述至少一个硬件处理器(105)还被配置为针对所述多个分区中的每个分区基于对集群内不一致性进行测量的不一致性度量来计算针对对应分区的不一致性得分,其中,针对所述多个分区中的至少一个,非零值被分配给仅具有一个生物数据样本的至少一个集群的所述不一致性度量,并且其中,分区评估模块还被配置为确定所述多个分区中的哪个分区具有最小不一致性得分,并且通过选择所述多个分区中具有所述最小不一致性得分的分区作为所述亚群来识别所述至少一种生物有机体的所述成分的所述亚群。
2.根据权利要求1所述的系统,其中,所述至少一个硬件处理器(105)还被配置为根据对应集群中的生物数据样本的总数和所述至少一种生物有机体的所述成分的生物数据样本的总数来对所述对应分区中的集群的至少子集中的每个集群的所述不一致性度量进行加权。
3.根据权利要求1所述的系统,其中,所述至少一个硬件处理器(105)被配置为通过将所述至少一种生物有机体的所述成分的所述生物数据样本的不一致性度量作为一个整体进行加权来确定所述非零值。
4.一种用于检测至少一种生物有机体的成分的亚群的方法(200),所述方法由至少一个硬件处理器实施并且包括:
获得(210)所述至少一种生物有机体的所述成分的生物数据样本的多个分区,所述多个分区中的每个分区定义所述成分的所述生物数据样本的各自数量的集群;
针对所述多个分区中的每个分区,基于对集群内不一致性进行测量的不一致性度量来计算(218)针对对应分区的不一致性得分,其中,针对所述多个分区中的至少一个,非零值被分配(216)给仅具有一个生物数据样本的至少一个集群的所述不一致性度量;
确定(219)所述多个分区中的哪个分区具有最小不一致性得分;并且
通过选择所述多个分区中具有所述最小不一致性得分的分区作为所述亚群来识别(221)所述至少一种生物有机体的所述成分的所述亚群。
5.根据权利要求4所述的方法,其中,所述生物数据样本包括基因组数据或蛋白质组数据中的至少一种。
6.根据权利要求4所述的方法,其中,所述计算(218)还包括根据对应集群中的生物数据样本的总数和所述至少一种生物有机体的所述成分的生物数据样本的总数来对所述对应分区中的集群的至少子集中的每个集群的所述不一致性度量进行加权。
7.根据权利要求6所述的方法,其中,执行所述加权,使得所述集群的所述至少子集中的所述对应集群的所述不一致性度量与所述对应集群中的生物数据样本的所述总数直接相关。
8.根据权利要求4所述的方法,其中,通过将所述至少一种生物有机体的所述成分的所述生物数据样本的所述不一致性度量作为一个整体进行加权来确定所述非零值。
9.根据权利要求8所述的方法,其中,所述加权包括利用所述至少一种生物有机体的所述成分的生物数据样本的总数对所述成分的所述生物数据样本的所述不一致性度量进行加权。
10.根据权利要求9所述的方法,其中,执行所述加权,使得所述非零值与所述至少一种生物有机体的所述成分的生物数据样本的所述总数反相关。
11.根据权利要求4所述的方法,其中,所述不一致性度量是所述对应分区的给定集群中的生物数据样本之间的成对距离的统计方差。
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