[发明专利]罗非鱼的正黏样病毒

说明书

本文描述了新发现的鱼的RNA病毒的分离和表征。还描述了用于检测分离的病毒、减毒活病毒疫苗和灭活的病毒疫苗的方法。

相关申请的交叉引用

要求于2016年1月10日提交的美国临时专利申请号62/276,873和2016年6月21日提交的美国临时专利申请号62/352,570的权益，其内容通过引用以它们的整体并入本文。

技术领域

本公开内容涉及新发现的鱼的RNA病毒的分离和表征。还公开了用于检测分离的病毒、减毒活病毒疫苗和灭活的病毒疫苗的方法。

背景技术

罗非鱼是近百种热带丽鱼科鱼的通用名称，其在全球是在鲤鱼之后的第二最多养殖的食用鱼。基于来自联合国粮食和农业组织(FAO)的报告，尼罗罗非鱼—罗非鱼(Oreochromis niloticus)—是养殖用于消费的主要罗非鱼品种之一，2012年全球产量达到320万吨(mt)(FAO)。罗非鱼物种在温暖气候的国家养殖，以色列是其最北部的分布点之一。

根据以色列农业部，在以色列每年消费7,662吨罗非鱼，占全部淡水鱼消费的43％。在过去二十年里，罗非鱼在贝特谢安山谷的产量从每年1,600吨上升到5,700吨。

2009年8月，养鱼户报告贝特谢安山谷地区的罗非鱼突然出现高死亡率。在杂交灰罗非鱼中，总死亡率达到30％-40％。红罗非鱼杂交生产的损害更为严重，在一些鱼塘中达到高达100％的损失。在养成池和水库池中都观察到幼鱼和成鱼的死亡。在幼鱼中，死亡事件的特征在于初始食欲不振，在池塘边缘处观察到弱鱼，掠食性鸟类的存在增加，和不同速率的最终鱼死亡率。检测到已知寄生虫的存在增加，并且处理似乎减轻了一些损失。在较大的鱼中，食欲不振和嗜睡明显，并且在几天内急性高死亡率，随后恢复鱼类种群。神经坏死病毒的存在的诊断测试为阴性。

在2010年夏天，罗非鱼的死亡率报告在6月从贝特谢安山谷和地中海沿岸地区二者开始。主要损失伴随着性反转和初始养成。在Nir-David的鱼健康中心的测试不会产生疾病模型，也不能表征病原体。不明原因的流行病事件在2011和2012年的整个夏天继续。在2011和2012年的死亡事件的初始统计分析未揭示寄生虫的存在和罗非鱼农场中的死亡率的显著相关性。鉴定的寄生虫随物种变化，并且因此可能无法解释流行病事件。此外，已知这种寄生虫可能是次级病原体，并且不是死亡率的主要原因。细菌的存在和死亡事件没有显著的相关性。另外，疾病的发作和临床症状不是已知的罗非鱼病毒病原体的特征。

因此，对于确定最近罗非鱼流行病事件的病原体存在需要。

发明内容

本文提供了CNCM(巴斯德研究所)保藏的登记号为CNCM I-4892的分离的罗非鱼病毒(TLV)。

本文还提供了分离的正黏样病毒，其具有由与SEQ ID NOs.1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、22和24中的每个至少90％同一的核酸序列组成的基因组。

本文进一步描述了分离的核酸，其包括与选自SEQ ID NOs 25-48的核酸至少90％同一的核酸。

本公开内容还描述了用于检测罗非鱼病毒(TLV)感染性的方法，其包括从怀疑感染了TLV的受试者分离样品；从样品产生cDNA模板；和使用至少一种寡核苷酸引物扩增来自cDNA模板的核酸，至少一种寡核苷酸引物包括与选自SEQ ID Nos：25-48的至少一个序列至少90％同一的核酸序列，其中核酸序列用引物的扩增指示样品中存在TLV。

本文还描述了分离的减毒和分离的灭活罗非鱼病毒(TLV)。在具体实施方式中，分离的病毒组合物中的任一者还包括佐剂。

另外提供了用于检测TLV的试剂盒，其包括描述的核酸，和通过使用分离的灭活或减毒病毒使受试者针对TLV接种疫苗的方法。