[发明专利]一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法

说明书

本发明涉及一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，按照以下步骤进行：建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16S rDNA数据库；将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将数据库中的taxonomy信息去除，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤步骤2)得到的字符串信息不一致，则将taxonomy信息导入到Greengenes数据库中。利用改良的序列比对方法和信息全面的比对数据库，能够从高通量数据中获得更加详实的实验结果。分析者能够根据结果找到与更多实验密切相关的菌种，有利于推进医疗、卫生、环境科学的发展。

技术领域

本发明涉及一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法。

背景技术

随着测序技术的成熟和成本的降低，人体微生物菌群研究积累了越来越多的微生物基因序列及微生物菌群方便特征与人类健康、疾病的关系数据。但这些微生物检验序列数据、菌群特征及其与人类健康的关系等数据分散在不同的科学文献、公共数据库里，数据存储、呈现方式给不相同，很难实现不同数据来源直接数据的比较及集成归纳。有必要建立一个对不同来源的数据进行统一化处理、集中储存管理的数据库，实现以大数据为基础的数据比对及分析。

细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA。16SrDNA鉴定是指用利用细菌16S rDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤，是一种快速获得细菌种属信息的方法。16S rDNA普遍存在于原核生物中。rDNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。在16S rDNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。16S rDNA的相对分子量大小适中，约1540个核苷酸，便于序列分析。可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。

现有技术的缺点：现有的16S rDNA高通量测序分析方法中序列比对方法和比对数据库存在不足，各数据库数据不完整、分散，导致高通量测序结果比对信息不完整，获得菌种较少，不能得到真实的实验数据结果。

发明内容

为了克服上述现有技术的缺点，本发明的目的是提供一种以基因序列为单位，将每个种所有可获得的16S rDNA基因序列进行搜集整理和多序列比对的16S rDNA高通量测序物种比对方法。

为达到上述目的，本发明采用以下技术方案一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，按照以下步骤进行：

1)、建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16s rDNA数据库；

2)、将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；

3)、分别将步骤1)中的NCBI 16s rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；