[发明专利]用于对天然配对T细胞受体序列进行T细胞受体靶向鉴别的高通量方法

权利要求书

1.一种方法，所述方法包括：

(a)使一个或更多个工程化细胞与多个工程化抗原呈递细胞(APC)接触，其中所述一个或更多个工程化细胞表达T细胞受体(TCR)多肽，所述T细胞受体(TCR)多肽包含来自受试者的单个免疫细胞的至少一对天然配对TCR链；并且其中所述多个工程化APC呈递不同的抗原多肽；

(b)测定所述多个工程化APC的APC对表达TCR多肽的一个或更多个工程化细胞的工程化细胞的反应性；或

(b’)测定所述多个工程化APC的APC对表达TCR多肽的一个或更多个工程化细胞的工程化细胞的激活；和

(c)确定由所述多个APC的选择的APC呈递的抗原多肽，从而确定至少一对天然配对TCR链的靶抗原，其中所述选择的APC是针对表达所述TCR多肽的工程化细胞具有反应性的反应性工程化APC或是激活表达所述TCR多肽的工程化细胞的激活工程化APC。

2.如权利要求1所述的方法，所述方法在(a)之前还包括：

(a’)在一个或更多个工程化细胞中表达TCR多肽，其中所述TCR多肽包含至少一对天然配对TCR链。

3.如权利要求2所述的方法，所述方法在(a’)之前还包括：

(a”)使用高通量平行单细胞测序从来自受试者的生物样品鉴定多个天然配对TCR链。

4.如权利要求1所述的方法，在(b)后还包括，选择APC，其中所述选择的APC具有针对表达TCR多肽的一个或更多个工程化细胞的工程化细胞的反应性。

5.如权利要求1所述的方法，在(b’)后还包括，选择APC，其中所述选择的APC激活表达TCR多肽的一个或更多个工程化细胞的工程化细胞。

6.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中多个天然配对的TCR链被同时鉴定或来自单个反应。

7.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述TCR多肽从编码第一TCR链和第二TCR链的外源性多核苷酸序列表达，所述第一TCR链和所述第二TCR链包含至少一对天然配对TCR链。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述多个工程化APC的每个工程化APC包含从编码不同抗原的外源性多核苷酸序列表达的抗原多肽。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化APC被工程化以表达匹配所述受试者的MHC基因。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化APC来源于K562细胞系和/或表达所述TCR多肽的工程化细胞来源于Jurkat细胞系。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括通过荧光激活细胞分选(FACS)分离所述选择的APC。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述确定由所述选择的APC呈递的抗原多肽包括测序或质谱法。

13.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化细胞是不表达内源性TCR多肽的工程化T细胞或是TCR敲除细胞。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化细胞表达CD4或CD8。

15.如权利要求1所述的方法，其中所述选择的APC包含外源性报告基因，其中所述报告基因编码荧光蛋白、细胞表面蛋白、萤光素酶报告系统、IL-6、IL-12、IFNα、IL-23、IL-1、TNF、IL-10、CD80、CD86、MHCI、MHCII、CD11c、CD11b、CD8α、OX40-L、ICOS-1或CD40。