[发明专利]一种环状RNA引物的设计方法

说明书

本发明提供了一种设计环状RNA引物的方法，目前针对环状RNA设计的背靠背引物并没有统一的规定，常用的方法需要在word文档上对序列做反复的拼接，且还要在primer premier 5软件上算连接点的位置，一方面容易在繁杂的过程中出错，出错又不容易发现，另一方面繁杂的设计过程增加时间负担。而本发明的设计方法简单有效，既节省设计时间，又容易学习不容易出错。

技术领域

本发明涉及一种设计方法，具体涉及一种环状RNA引物的设计方法。

背景技术

环状RNA(circRNA)是区别于传统线性RNA的一类新型非编码RNA，具有闭合环状结构，与线性RNA不同的是，circRNA没有3'或5'端，也没有多聚A尾等结构，有保守序列，结构稳定，目前的研究证实了环状RNA在转录后水平的调控起到重要作用。

由于circRNA和线性RNA具有相同的核苷酸序列，如果在PCR过程中利用传统的方法设计引物，则会把两者的序列都扩增出来。因此目前解决这个问题的方法就是RNA首尾连接处设计背靠背引物，即使上游引物和下游引物是呈背靠背反方向扩增(传统的引物是上游引物和下游引物的扩增方向呈面对面扩增)。但目前最常用的设计方法就是找出序列后，先在word文档打开，在序列5端和3端各找数百碱基的序列，然后3端的序列和5端序列连接后形成一段新的序列，计算出连接点所在的位点，再用primer premier 5软件设计，方法十分繁杂。所以申请人为解决这现状，发明一种更加简单容易的设计方法。

发明内容

目前环状RNA(circ-RNA)是医学研究的热门领域，但是circ-RNA的引物的具体设计方法并没有明确具体的报道，大多数的研究者的设计方法较为繁琐复杂。本发明的目的在于克服现有技术存在的不足之处而提供了一种设计环状RNA引物的方法，既满足环状RNA背靠背引物的特点，又简单容易操作。

为实现上述目的，所采取的技术方案：一种环状RNA引物的设计方法，所述设计方法包括以下步骤：

(1)在数据库中查找目的环状RNA的DNA序列；

(2)取两条查找到的DNA序列，将其中一条DNA序列的3’端与另一条DNA序列的5’端连接，形成一条新的DNA序列；

(3)在新的DNA序列上距离步骤(2)中3’端与5’端连接处300个碱基的区域内分别设计目的环状RNA的上游引物和下游引物，所述上游引物位于所述新的DNA序列上所述连接处的上游，所述下游引物位于所述新的DNA序列上所述连接处的下游；

(4)将步骤(3)中设计的上游引物和下游引物分别进行BLAST，如果该上游引物和下游引物均不能扩增线性RNA分子，则为最终设计的引物。

优选地，所述步骤(1)中数据库为circBASE数据库。

优选地，所述步骤(3)中设计的软件为primer premier 5。

优选地，所述步骤(3)中上、下游引物长度分别为18-23bp。

优选地，所述步骤(3)中上、下游引物的扩增长度为70-300bp。

优选地，所述步骤(3)中上、下游引物的GC比例分别为40％-60％。

优选地，所述步骤(1)中目的环状RNA为hsa_circ_0001727。

本发明提供了一种采用上述所述方法设计的引物。

优选地，所述引物包括SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的引物序列。