[发明专利]用于测定对病毒抑制剂的病毒敏感性的方法

说明书

相关申请的交叉参考

本申请要求2013年3月15日提交的美国临时申请No.61/802,212；2013年6月4日提交的美国临时申请No.61/831,134；和2013年6月27日提交的美国临时申请No.61/839,947的优先权。这些申请各自的整个内容通过引用并入本文。

技术领域

本发明的实施方式涉及测定丙型肝炎病毒(“HCV”)或HCV群对HCV抑制剂的易感性的方法。用于测定易感性的方法包括基因型或表型方法。

背景技术

HCV影响估计世界上1.7亿人，包括4百万美国人，或约1％的美国人口，因而其为最常见的血液携带疾病。HCV感染在大致55～85％的患者中成为慢性病症。慢性HCV感染的晚期并发症包括肝硬化，肝细胞癌，及死亡。对于预防HCV感染没有有效疫苗。

HCV是含有大致9,000个核苷酸(9kb)的正义线性单链RNA基因组的有包膜病毒。HCV与黄病毒及瘟病毒一起分类进黄病毒科(Flaviviridae)。HCV基因组的单开放阅读框被翻译而产生单蛋白产物，然后其被进一步加工产生更小的活性蛋白，包括3种结构蛋白(核衣壳(C)和2种包膜糖蛋白(E1和E2))和7种非结构蛋白(包括丝氨酸蛋白酶(非结构蛋白3(NS3))，辅因子(非结构蛋白4A(NS4A))，非结构蛋白5A(NS5A)，及RNA依赖性RNA聚合酶(非结构蛋白5B(NS5B)等)。

HCV株基于种系发生(遗传序列)由“基因型”分组成6个基因型(即1～6)之一，其在基因型内被进一步表征为几种不同亚型(例如1a，1b，1c)。用一种HCV基因型感染不必然给患者提供针对该基因型或任何其他基因型的HCV的免疫力，由此，用多于一种HCV基因型分离物同时感染是可能的。大部分HCV基因型是地理学上不同的。在北美洲，欧洲和日本，HCV基因型1(GT1)是最普遍的。在基因型1HCV之内，亚型1a和1b更普遍，亚型1c仅是少数成分。然而在其它地区，非基因型1的HCV基因型(非-GT1)是普遍的。

在针对HCV的直接作用抗病毒(DAA)剂被批准之前，护理HCV感染的标准依赖于通过响应于用聚乙二醇化干扰素α(PEG-IFN)组合利巴韦林(RBV)进行24～48周治疗的免疫调节的病毒复制的间接阻遏。对治疗的响应在患者之中有差异，如下文所进一步讨论的，大致40～60％的患者达到病毒复制的持续阻遏(持续的病毒学应答，SVR)。并非所有对标准PEG-IFN/RBV治疗具有初始应答的HCV-感染患者维持他们的应答，如通过血浆中可检测的HCVRNA的上升水平证明的。由于PEG-IFN/RBV治疗的功效可变性和低耐受性，在临床前发展程序和临床试验中正在评价直接靶向HCV复制的大量新抗病毒药剂，目前已批准了4种DAA(波普瑞韦、替拉瑞韦、西咪匹韦、索非布韦)。批准的DAA包括聚合酶抑制剂(索非布韦)和蛋白酶抑制剂(波普瑞韦、替拉瑞韦、西咪匹韦)。靶向分别由HCV基因组的NS3、NS5A和NS5B区编码的病毒蛋白酶、非结构蛋白5A或RNA-依赖性RNA聚合酶(RdRp)的另外的抑制剂正在进行深入开发(参见例如，开发中的药物列表，http://www.hcvadvocate.org/hepatitis/hepC/Quick_Ref_Guide.pdf)。

HCV的NS5B区是1,773个核苷酸长，其编码HCVRdRp酶。HCVRdRp酶“拷贝”HCVRNA基因组并产生正义和负义HCVRNA，因此RdRp对于病毒复制是必要的。目前正开发许多核苷(核苷酸)抑制剂(NI)和小分子非核苷抑制剂(NNI)，最近索非布韦(SOF)已被批准用于组合疗法。NI通过与用于在活性位点结合的RdRp的天然底物(三磷酸核糖核苷)竞争来发挥作用。NNI变构性地结合并通过非-竞争性机理抑制RdRp活性。NNI可还被分组为基于它们的化学结构和靶结合位点相区别的几个亚类。对特定RdRp抑制剂的抗性已被报道与位于该酶内、通过改变RdRp结构(例如，NNI)或通过改善RdRp区别抑制剂和天然底物的能力(例如，NI)来限制抑制剂结合的某些氨基酸突变有关。