[发明专利]腺泡状软组织肉瘤的基因探针及其试剂盒应用

说明书

技术领域

本发明属于荧光原位杂交探针的应用领域，特别涉及腺泡状软组织肉瘤的基因探针及其试剂盒应用。

背景技术

腺泡状软组织肉瘤是一种起源不明，好发于儿童和青年的罕见恶性软组织肉瘤，主要症状表现为缓慢生长的软组织肿块，现已明确腺泡状软组织肉瘤的肿瘤组织中存在特异性基因非平衡易位，即：der(17)t(X；17)(p11.2；q25)，导致Xp11.2处TFE3端粒侧基因经复制后易位至17q25，并与17q25ASPL基因的着丝粒侧融合形成ASPL-TFE3融合基因。多数腺泡状软组织肉瘤患者在发现和治疗后易出现远处转移，且对放化疗不敏感，总体预后较差，5年、10年、20年生存率分别是60％、38％、15％，因此准确诊断对腺泡状软组织肉瘤患者的预后判断及后续治疗有相当重要的意义。

在本发明之前，腺泡状软组织肉瘤的诊断主要依靠组织病理学特征，光镜下肿瘤排列成巣状或腺泡状，周围常被宽窄不等的纤维性间隔包绕，瘤细胞呈圆形或多角形，胞质丰富呈半透明空泡状或嗜伊红颗粒状，核大小不一，单核或双核，核仁大而明显，最具特征的胞浆内棒状结晶体出现几率只在20％-80％左右。组织形态典型的腺泡状软组织肉瘤较易诊断，部分肿瘤组织缺乏典型的形态学表现，则需要与副神经节瘤、颗粒细胞瘤、XP11.2易位/TFE3基因融合相关性肾癌和黑色素瘤等相鉴别，尤其是在少见发病部位、转移灶、细针穿刺活检组织较少的情况下更难以明确诊断。腺泡状软组织肉瘤形成ASPL-TFE3融合基因，导致TFE3蛋白的过表达，因此TFE3免疫组化检测对腺泡状软组织肉瘤具有一定的特异性，但在其它肿瘤如XP11.2易位/TFE3基因融合相关性肾癌、颗粒细胞肿瘤、肾上腺皮质癌、血管周上皮样细胞瘤和高级别粘液纤维肉瘤等组织中也会出现TFE3免疫组化的阳性结果，所以TFE3免疫组化只能作为诊断腺泡状软组织肉瘤的辅助依据。

对于腺泡状软组织肉瘤来说，其特异性的基因改变类型是其诊断的重要依据，只有RT-PCR和细胞核型分析才能较准确的达到诊断目的，但是进行核型分析就必须在切除肿瘤后将肿瘤细胞进行细胞培养至有丝分裂期后，利用G显带等技术对肿瘤细胞进行核型分析，这种方法繁琐且耗时不适合在临床工作中对于应用。同样的，考虑到腺泡状软组织肉瘤的少见性以及PCR试验流程的复杂性是无法常规利用RT-PCR对腺泡状软组织肉瘤组织进行ASPL-TFE3融合基因检测的，而当怀疑腺泡状软组织肉瘤时只能从石蜡切片中提取RNA，RNA降解以及很多其他因素均限制了RT-PCR的应用，且技术复杂不适合广泛应用。

这些限制导致了一些疑似腺泡状软组织肉瘤的患者无法得到准确诊断，影响临床医师对腺泡状软组织肉瘤患者预后以及术后处理。目前亟需一种可以快速、经济、准确诊断腺泡状软组织肉瘤的方法。

发明内容

本发明的目的是针对上述诊断方法的缺陷，提供一种腺泡状软组织肉瘤的基因探针及其试剂盒应用。

本发明的技术方案是：

腺泡状软组织肉瘤的基因探针，其主要技术特征在于基因探针选用的克隆片段分别是RP11-634L10、RP11-51H16和RP11-475F12组合，以及CTD-2311N12、RP11-416B14、CTD-2522M13、CTD-2312C1和CTD-2248C21组合。

所述其中RP11-634L10、RP11-51H16和RP11-475F12组合是定位于17号染色体ASPL基因上，三者标记为相同的红色荧光信号。

所述其中CTD-2311N12、RP11-416B14、CTD-2522M13、CTD-2312C1和CTD-2248C21组合是定位于X染色体TFE3基因上，均标记为相同的绿色荧光信号。

所述定位于17号染色体ASPL基因上的克隆片段，RP11-634L10、RP11-51H16和RP11-475F12这3个克隆片段之间必须完全覆盖ASPL基因且相邻克隆片段之间存在少量的片段重叠。

所述定位于X染色体TFE3基因上的克隆片段，CTD-2311N12、RP11-416B14、CTD-2522M13、CTD-2312C1和CTD-2248C21这5个的克隆片段组合必须完全覆盖TFE3基因且同侧相邻的克隆片段之间存在少量的片段重叠或者相邻之间相距不超过10Kb。

本发明的另一技术方案是：

腺泡状软组织肉瘤的基因探针试剂盒，该试剂盒由探针杂交液以及4′，6-二脒基-2-苯基吲哚复染剂组成，其主要技术特征在于：