[发明专利]基于峰强度识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法

权利要求书

1.一种基于峰强度识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)虚拟酶解蛋白质数据库序列，并根据肽段的质量数对酶解后的肽段建立肽段数据库和肽段数据库索引；

(2)根据待分析实验图谱中母离子去电荷后的质量数在步骤(1)所述的肽段数据库中找出符合要求的候选肽段；

(3)对待分析实验图谱进行去同位素峰和选取有效峰；

(4)产生符合要求的候选肽段的理论图谱；

(5)统计不同离子的峰强度信息，并计算出不同离子类型在不同区间内峰强度识别能力；

(6)对每个候选肽段基于峰强度识别能力进行打分，选择最高得分的肽段作为此实验图谱鉴定结果，并对鉴定结果进行质量控制。

2.根据权利要求1所述的基于峰强度识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于，步骤(3)所述的去同位素峰过程具体包括如下步骤：

1.1)进行初始化，三个比较峰的m/z值及其强度，全部设为0，设三个峰m/z值分别是：m/z_1＝0，m/z_2＝0，m/z_3＝0，其峰强对应是m/z_1_in＝0，m/z_2_in＝0，m/z_3_in＝0，并设置保留峰的容器，已知测量质量误差m；

1.2)读取一个峰的信息，把目前的峰放入第三个峰的位置，即m/z_3，m/z_3_in，把第三个峰与第一个峰和第二个峰比较，判断是否是前两个峰的同位素峰，

1.2.1)如果以下三个条件的任意一个条件成立，则认为是同位素峰，

a.|m/z_3-m/z_2-1|<＝m并且m/z_2_in>m/z_3_in；

b.|m/z_3-m/z_1-1|<＝m并且m/z_1_in>m/z_3_in；

c.|m/z_2-m/z_1|<＝m并且m/z_2_in>m/z_3_in，此为相同峰信息，记录误差，执行三个峰向前平移一位，空出第三个峰的位置，即：

m/z_1＝m/z_2，m/z_1_in＝m/z_2_in；

m/z_2＝m/z_3，m/z_2_in＝m/z_3_in；

1.2.2)如果步骤1.2.1)中的三个条件均不成立，则认为目前进入第三位置的峰不是同位素峰，将其作为保留峰存入保留峰容器中，并把三个峰向前平移一位，空出第三个峰的位置，即：m/z_1＝m/z_2，m/z_1_in＝m/z_2_in；

1.3)逐个读取下一个峰的信息，重复步骤1.2)直到处理完一张二级质谱图所用峰信息，其保留峰容器中的峰即为去同位素峰之后的非同位素峰。

3.根据权利要求1所述的基于峰强度识别能力的蛋白质二级质谱鉴定方法，其特征在于，步骤(4)具体包括如下步骤：

1)产生候选肽段可能产生的理论碎片b、y离子；

2)如果步骤1)产生b、y离子中包含S、T、E和D四种氨基酸中的一种，则产生对应的丢水碎片离子b-H₂O和y-H₂O；

3)如果步骤1)产生b、y离子中包含R、K、Q和N四种氨基酸中的一种，则产生对应的丢氨碎片离子b-NH₃和y-NH₃；

4)待分析二级质谱母离子价态是1价，则考虑产生一价碎片离子；

5)若待分析二级质谱母离子价态大于等于2，并且对应的碎片离子中包含R，K和H三种氨基酸其中一种时，则考虑二价碎片离子峰；

根据步骤1)～5)产生所有理论碎片离子的方法规则，得到候选肽段的理论图谱。