[发明专利]用于选择基因渗入标志组的方法

权利要求书

1.一种确定用于鉴定可能包含感兴趣性状的植物的生物标志集合的方法，所述方法包括下述步骤：

a)获得多个轮回植物亲本和多个供体植物亲本；

b)对于该多个轮回植物亲本和多个供体植物亲本中的每一个，鉴定多个标志中每一个的基因型；

c)将蚁群优化系统应用于所述多个标志来鉴定可预测所述感兴趣性状的具有多个遗传标志的优化子集，其中所述具有多个遗传标志的优化子集是用于鉴定可能包含感兴趣性状的植物的生物标志集合，

其中利用蚁群优化系统包括：

定义问题空间，其包含所述多个遗传标志的离散的邻接子集，以及多个媒介，其中所述媒介在连续的时间步骤中根据概率密度函数在各离散邻接子集之间进行选择，在所述连续的时间步骤过程中用由被选取的离散邻接子集所提供的感兴趣性状的基因组(GA)和连锁累赘(LD)覆盖率确定的值来更新所述概率密度函数；以及

容许所述媒介在预定数目的连续时间步骤过程中选择所述多个遗传标志的离散邻接子集。

2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：

提供不包含所述感兴趣性状的近交植物，其中所述近交植物包含关于所述多个遗传标志的基因型；

将包含关于所述多个遗传标志的第一基因型的第一供体植物与所述近交植物杂交来产生子代植物，其中子代植物包含关于所述多个遗传标志的子代基因型，并确定该子代植物是否包含所述感兴趣的性状；以及

提供包含关于所述多个遗传标志的多种子代基因型的数据库，其中每一种子代基因型是通过将所述近交植物与另一不同的供体植物杂交产生的子代植物的基因型。

3.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括：

提供来自所述第一供体植物的遗传样品，以及

对所述第一供体植物进行关于所述多个遗传标志的基因分型。

4.根据权利要求3所述的方法，其中在所述预定数目的连续时间步骤的最后一步中被选取的离散邻接子集是用于鉴定可能包含感兴趣性状的植物的生物标志集合。

5.根据权利要求2所述的方法，其中通过基因分型确定所述近交植物关于所述多个遗传标志的基因型。

6.根据权利要求2所述的方法，其中通过基因分型确定所述子代植物关于所述多个遗传标志的基因型。

7.根据权利要求1所述的方法，其中通过基因分型确定另外的不同供体植物的基因型。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个遗传标志包括SNP标志。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述多个遗传标志由SNP标志组成。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述植物选自下组：玉米、大豆、烟草、胡萝卜、芸苔、油菜、棉花、棕榈、花生、稻属、拟南芥属、蓖麻属和甘蔗。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个遗传标志包括至少1000个标志。

12.根据权利要求1所述的方法确定的具有多个遗传标志的优化子集。

13.权利要求12所述的标志的优化子集，其中所述子集包括少于300个标志。

14.一种鉴定可能包含感兴趣性状的植物的方法，所述方法包括：

提供权利要求12所述的标志集合；

提供包含来自植物的核酸的遗传样品；以及

使所述核酸接触能与所述标志集合中的标志特异性杂交的探针，其中该探针对所述核酸的特异性杂交指示该植物中感兴趣性状的存在。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述标志包括SNP标志。

16.根据权利要求14所述的方法，其中所述植物选自下组：玉米、大豆、烟草、胡萝卜、芸苔、油菜、棉花、棕榈、花生、稻属、拟南芥属、蓖麻属和甘蔗。