[发明专利]用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法有效
申请号: | 201210455239.9 | 申请日: | 2012-11-14 |
公开(公告)号: | CN102930113A | 公开(公告)日: | 2013-02-13 |
发明(设计)人: | 刘雅红;贺利民;梁智斌;方炳虎;陈建新;汤有志;陈良柱 | 申请(专利权)人: | 华南农业大学 |
主分类号: | G06F17/50 | 分类号: | G06F17/50;G06N3/02 |
代理公司: | 广州市华学知识产权代理有限公司 44245 | 代理人: | 杨晓松 |
地址: | 510642 广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 预测 化合物 活性 两级 拟合 qsar 模型 构建 方法 | ||
1.用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于包括以下步骤:
1)取若干个具有相同骨架的化合物作为训练集,将训练集化合物划分取代基,并叠合训练集化合物;
2)根据训练集化合物的结构与活性,采用线性回归法计算各取代基产生的局部生理作用,建立前级拟合模型;
3)根据训练集化合物的活性与步骤2)计算得到的局部生理作用,采用神经网络法计算出化合物的整体生物活性,建立后级拟合模型;
4)将前级拟合模型和后级拟合模型结合,构建成前后两级QSAR模型。
2.根据权利要求1所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:步骤2)所述训练集化合物的活性为抑制浓度或抑制率。
3.根据权利要求2所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:步骤1)具体如下:
对于已有的化合物,针对特定检验体系进行生物学活性的数据采集,数据指标采用抑制浓度或抑制率的负对数形式,以此作为训练集样本;使用Sybyl分析软件检验化合物的二维结构,对通过检验的化合物生成其三维结构;随后,进一步划分化合物的取代基,并进行优化;最后,基于取代基划分,并采用Topomer叠合技术对以上化合物三维结构进行叠合。
4.根据权利要求3任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:步骤2)具体如下:
用探针扫描叠合的训练集化合物周围的分子场,计算MSA、CoMFA或者CoMSIA分子场,对分子场信息进行挑选后,与训练集化合物的实验活性进行线性回归,获得构效关系的前级拟合模型。
5.根据权利要求4任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:步骤3)具体如下:
将步骤2)计算得到的局部生理作用,与训练集化合物的活性进行归一化,得到归一化值,通过神经网络模型去归一化,计算出化合物的整体生物活性,获得后级拟合模型。
6.根据权利要求1-5任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:所述训练集化合物为具有p38激酶抑制率的吡唑类化合物。
7.根据权利要求1-5任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:所述训练集化合物的样本量至少有30个。
8.根据权利要求1-5任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:所述训练集化合物划分的取代基至少有2个,所述划分的取代基中包括有化合物的连接桥。
9.根据权利要求1-5任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:所述步骤2)采用的线性回归法为偏最小二乘法或主成分分析法。
10.根据权利要求1-5任一项所述的用于预测化合物活性的两级拟合QSAR模型的构建方法,其特征在于:所述步骤3)采用的神经网络法为BF神经网络法或RBF神经网络法。
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