[发明专利]一种采用PVP预处理提取土壤微生物总DNA的方法无效
申请号: | 201210096823.X | 申请日: | 2012-04-05 |
公开(公告)号: | CN102643795A | 公开(公告)日: | 2012-08-22 |
发明(设计)人: | 胡兴明;于翠;邓文;叶楚华;李勇;熊超;彭波 | 申请(专利权)人: | 湖北省农业科学院经济作物研究所 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/68 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 430064 湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 采用 pvp 预处理 提取 土壤 微生物 dna 方法 | ||
1.一种采用PVP预处理提取土壤微生物总DNA的方法,其特征在于,按如下步骤依次进行:
所述的方法具体为PVP预处理-CTAB、CaCl2、BSA-溶菌酶-蛋白酶-SDS-反复冻融法,取5g土样加入20g/L偏磷酸钠缓冲液30mL,摇床振荡15min,8500r/min离心5min,取沉淀,重复洗涤3次;取沉淀,加入13.5mL DNA提取液II和少许石英砂,漩涡振荡器振荡3min;加入100mg/mL溶菌酶150μL,混匀,37℃、230r/min摇床中温育1h;再加入20mg/mL蛋白酶K15μL,混匀,37℃水浴1h;加入1.5mL 10%SDS,65℃水浴1h;反复冻融3次,8500r/min离心10min;取上清液,加入等体积的酚/氯仿/异戊醇(体积比25∶24∶1)抽提,8500r/min离心10min;取上清液,加入等体积的氯仿/异戊醇(体积比24∶1)再次抽提,8500r/min离心10min,取上清液,在上清液中加入0.7倍体积异丙醇和0.1倍体积NaAc,-20℃放置过夜,8500r/min,4℃离心20min,沉淀用70%乙醇洗涤,12500r/min离心10min,沉淀室温晾干,加入200μL TE溶解沉淀,-20℃保存,即获得土壤微生物总DNA。
2.如权利要求1所述的提取DNA的方法,其特征在于:所述偏磷酸钠缓冲液含10g/L聚乙烯吡咯烷酮K30(PVP-K30),pH 8.5;所述DNA提取液II成分为Tris-HCl 100mmol/L,EDTA 100mmol/L,Na3PO4 100mmol/L,NaCl 1.5mol/L,1%CTAB,2%CaCl2,1μg/mL BSA;pH 8.0;所述的土样,采自桑树根围土壤,深度为5~10cm表土层,按5点法取样,混匀后放入无菌袋中,4℃保存。
3.如权利要求1或2所述的提取DNA的方法的用途,其特征在于:该方法在进行16SrDNA的扩增及DGGE图谱分析,与RDP数据库中已有的序列进行比对,或通过建立新的序列探针识别未知菌,从而确定微生物群落结构组成、结构多样性及其生态功能。
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