[发明专利]用于预测对HCV治疗持续应答的生物标志物

说明书

发明领域

本发明涉及对于预测丙型肝炎病毒感染的患者对药理学治疗的应答有用的生物标志物。

发明背景

在全世界，丙型肝炎病毒(HCV)是主要的健康问题并且是慢性肝病的主要原因(Boyer，N.等人，J.Hepatol. 200032：98-112)。感染了HCV的患者有恶化为肝硬化以及随后的肝细胞癌的风险，因此，HCV是肝移植的主要指征。

根据世界卫生组织，世界范围存在超过2亿感染个体，每年至少3百万至4百万人感染。一旦被感染，约20％的人清除该病毒，但其余人可以余生携带HCV。10％至20％的慢性感染个体最终发展为破坏肝脏的肝硬化症或癌症。这种病毒病以肠胃外方式由污染的血液和血液制品传播、由污染的针头传播、或者以性方式传播或者从感染母亲或携带母亲垂直地传播至后代。由于抗性发展迅速，针对HCV感染的现有疗法具有有限的临床益处，其中所述的现有疗法限于用重组干扰素-α单独或与核苷类似物利巴韦林联合的免疫治疗。迫切需要有效战胜慢性HCV感染的改进的治疗剂。

已经将HCV分类为黄病毒科(flaviviridae)的成员，其中所述黄病毒科包括黄病毒属(flaviviruses)、瘟疫病毒属(pestiviruses)和肝炎病毒属(hapaceiviruses)，其中所述肝炎病毒属包括丙型肝炎病毒(Rice，C.M.，Flaviviridae：The viruses and their replication.在Fields Virology一书中，编辑：Fields，B.N.，Knipe，D.M.，和Howley，P.M.，Lippincott-Raven出版社，Philadelphia，Pa.，第30章，931-959，1996)。HCV为包含有大约9.4kb正义单链RNA基因组的包膜病毒。病毒基因组由5’非翻译区(UTR)、编码大约3011个氨基酸的多蛋白前体的长可读框(ORF)和短的3’UTR组成。5’UTR是HCV基因组最高度保守的部分，并且对多蛋白翻译的起始和控制很重要。

HCV的遗传分析鉴定出六个DNA序列趋异超过30％的主要基因型。每一种基因型含有一系列更密切相关的显示出20-25％的核苷酸序列差异的亚型(Simmonds，P.2004 J.Gen.Virol.85：3173-88)。已经区分了30个以上的亚型。在美国，大约70％的感染个体具有1a和1b型感染。在亚洲，1b型是最普遍的亚型(X.Forns和J.Bukh，Clinics in Liver Disease 1999 3：693-716；J.Bukh等人，Semin.Liv.Dis.199515：41-63)。不幸地是，1型感染比2型或3型基因型感染更加耐受治疗(N.N.Zein，Clin.Microbiol.Rev.，200013：223-235)。

瘟病毒和肝炎病毒的ORF的非结构蛋白部分的基因组织和多聚蛋白加工是非常相似的。这些正链RNA病毒具有单一的大可读框(ORF)，编码病毒复制必需的全部病毒蛋白。这些蛋白质作为多聚蛋白表达，其中所述的多聚蛋白经细胞蛋白酶和病毒编码的蛋白酶共翻译和翻译后地加工以产生成熟的病毒蛋白。负责病毒基因组RNA复制的病毒蛋白大约定位于羧基端。ORF的三分之二称为非结构(NS)蛋白。对于瘟病毒和肝炎病毒而言，成熟的非结构(NS)蛋白从非结构蛋白编码区的氨基端至该ORF羧基端的依次顺序由p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B组成。

瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白共有以特定蛋白质功能为特征的序列结构域。例如，这两组病毒中的病毒NS3蛋白具有属于丝氨酸蛋白酶特征的氨基酸序列基序和属于解旋酶特征的氨基酸序列基序(Gorbalenya等人，Nature 1988 333：22；Bazan和Fletterick，Virology 1989，171：637-639；Gorbalenya等人，Nucleic Acid Res.1989，17，3889-3897)。类似地，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白具有属于RNA指导的RNA聚合酶特征的基序(Koonin，E.V.和Dolja，V.V.，Crit.Rev.Biochem.Molec.Biol.1993，28：375-430)。