[发明专利]LXR配体结合结构域(LXR LBD)晶体无效

专利信息
申请号: 200980107823.1 申请日: 2009-03-10
公开(公告)号: CN101970479A 公开(公告)日: 2011-02-09
发明(设计)人: J·本兹;B·格塞尔;M·斯蒂尔;R·托马;M·赖特 申请(专利权)人: 弗·哈夫曼-拉罗切有限公司
主分类号: C07K14/705 分类号: C07K14/705;G06F17/50;G06F19/00
代理公司: 北京市中咨律师事务所 11247 代理人: 黄革生;林柏楠
地址: 瑞士*** 国省代码: 瑞士;CH
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摘要:
搜索关键词: lxr 结合 结构 lbd 晶体
【权利要求书】:

1.肝脏X受体β配体结合结构域(LXRβ-LBD)与配体的共晶体,其中所述晶体属于空间群P43

2.权利要求1的晶体,其中所述晶体具有下列晶胞参数:a=b=58±4c=181±4α=β=γ=90°±3°,优选±2°,更优选±1°,最优选α=β=γ=90°。

3.权利要求1或2的共晶体,其中所述配体是2-(4-{[2-(3-氯-苯基)-5-甲基-唑-4-基甲基]-乙基-氨基}-苯基)-1,1,1,3,3,3-六氟-丙-2-醇。

4.肝脏X受体β配体结合结构域(LXRβ-LBD)与配体的共晶体,其中所述晶体属于空间群P41212。

5.权利要求4的晶体,其中所述晶体具有下列晶胞参数:a=b=92±4c=273±4α=β=γ=90°±3°,优选±2°,更优选±1°,最优选α=β=γ=90°。

6.权利要求4或5的共晶体,其中所述配体是1,1,1,3,3,3-六氟-2-{2甲基-1-[5-甲基-2-(3-三氟甲基-苯基)-唑-4-基甲基]-1H-吲哚-5-基}-丙-2-醇。

7.肝脏X受体β配体结合结构域(LXRβ-LBD)与配体的共晶体,其中所述晶体属于空间群P1。

8.权利要求7的晶体,其中所述晶体具有下列晶胞参数:a=47±4b=98±4c=114±4α=74°±3°,β=98°±3°,γ=79°±3°,优选±2°,更优选±1°,最优选α=74°,β=98°,γ=79°。

9.权利要求7或8的共晶体,其中所述配体是(R,S)-苯磺酰基-(6-氯-2,3,4,9-四氢-1H-咔唑-2-基)-氟代-乙酸甲酯。

10.权利要求1-9的共晶体,其中所述LXRβ-LBD多肽是包含具有与Seq.Id.No.1的多肽的配体结合结构域至少80%、优选至少85%、更优选至少90%、甚至更优选至少95%、最优选100%相似度的序列的多肽。

11.权利要求10的共晶体,其中所述LXRβ-LBD多肽包含Seq.Id.No.1的氨基酸213-461。

12.将LXRβ-LBD多肽和与所述多肽的配体结合位点结合的化合物共结晶的方法,该方法包括下列步骤:

a)提供所述多肽的水溶液,

b)向所述多肽水溶液中加入摩尔过量的配体,以及

c)生长晶体。

13.权利要求12的方法,其中所述水溶液包含5%-30%(w/v)PEG,其中所述PEG平均分子量为200Da到20kDa、优选200Da到5kDa。

14.权利要求12或13的方法,其中所述水溶液包含0M到1MBis-Tris pH 5.5,0M到0.5M氯化镁和0M到0.5M硫酸铵。

15.权利要求12-14的方法,其中所述水溶液包含摩尔过量的辅助激活因子肽,优选3-12倍摩尔过量。

16.权利要求12-15的方法,其中所述配体以12-15倍摩尔过量加入。

17.鉴定能结合LXR多肽的配体结合位点的化合物的方法,所述方法包括下列步骤:

a)使用图1、图2或图3的原子坐标±不超过的相对于所述氨基酸的主链原子的均方根偏差,根据LXRβ-LBD多肽的三维模型来确定LXR多肽的活性位点;以及

b)进行计算机拟合分析以鉴定能结合LXR多肽的结合位点的化合物。

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