[发明专利]转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列

说明书

技术领域

本发明涉及的是一种生物技术领域的基因序列。具体的说，涉及一种转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列。

背景技术

水稻是我国最重要的粮食作物之一，随着转基因技术在水稻中的广泛研究和应用，已经有多个转基因水稻品系进行了环境释放，申请商业化种植。对转基因植物进行品系特异性的检测是对转基因植物进行监督管理，保障其健康发展的重要技术基础。而转基因植物的外源插入片段的旁侧序列是转基因植物品系最重要的分子特征之一，因此，外源插入片段的旁侧序列是建立转基因植物品系特异性检测方法的重要技术资料。

目前已经有部分专利和文献报道了转基因植物外源插入载体旁侧序列，例如：张大兵等人于2006年利用TAIL-PCR方法分析了玉米品系MON863的外源插入片段的旁侧序列，建立了转基因MON863玉米的品系特异性检测方法。然而，在对现有的专利和文献的分析中发现，还没有任何关于转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列的文章和专利报道。

发明内容

针对上述领域中的空白，提供了一种转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列。

进一步，本发明还提供该转基因品系特异性的PCR检测方法。

一种转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为5’端旁侧序列，其特征在于：5’端旁侧序列如SEQ ID NO1所示。

一种转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为3’端旁侧序列，其特征在于：3’端旁侧序列如SEQ ID NO2所示。

5’端旁侧序列的制备方法，是通过Genome walking扩增得到。

3’端旁侧序列的制备方法，是通过LD-PCR扩增得到。

转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列的定性PCR检测方法，其特征在于：所述PCR反应中的两条引物组合为权利要求1所述旁侧序列的特异性引物：一条引物为依据SEQ ID NO1中1-345位序列设计的正向引物，另一条引物为依据SEQ ID NO1的346-1346位序列设计的反向引物。

所述正向引物为KF-G2：5’-AGCATGTCACGGTGTCTGTC-3’，

所述反向引物为CpTI-p2：5′-TCCAGAGTTCATCTTTCTCATCATC-3’。

转基因水稻品系科丰6号的外源插入片段的旁侧序列的定性PCR检测方法，其特征在于：所述PCR反应中的两条引物组合为权利要求1所述旁侧序列的特异性引物：一条引物依据SEQID NO2中1-1182位序列设计的正向引物，另一条引物依据SEQ ID NO2的1183-1867位序列设计的反向引物。

所述正向序列为1034f：5’-GCAACGATACGTTGTTGTGG-3’，

所述反向序列为1426r：5’-TCTCCTCTCACTCGTGATCG-3’。

根据Rong等(Rong et al，2005，New Phytologist，168：559-566)报道的用于转化的载体pCUBAC-HYG的结构，其中T-DNA区域结构见图1，由hpt抗性基因表达盒、cry1Ac基因表达盒和CpTI基因表达盒组成。本发明采用常规方法，提取植物基因组DNA，利用Genome walking分离法得到5’端旁侧序列1346bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO1所示。通过分析，该5’端旁侧序列包括：水稻基因组序列，位于水稻4号染色体(GenBank登记号：AP008210)的33048719-33049063，其核苷酸序列与SEQ ID NO.1中从1-345位的核苷酸序列完全相同；filler DNA，来源于整合过程中的DNA修复序列，其核苷酸序列与SEQ ID NO.1中346-355位的核苷酸序列完全相同；转化载体pCUBAC-HYG部分序列，其核苷酸序列与SEQ IDNO.1中356-1346位的核苷酸序列完全相同；利用LD-PCR分离法得到3’端旁侧序列1867bp，其核苷酸序列如SEQ IDNO2所示。通过分析，该3’端旁侧序列包括：转化载体pCUBAC-HYG部分序列，其核苷酸序列与SEQ ID NO.2中的1-1182位的核苷酸序列完全相同；水稻基因组序列，位于水稻4号染色体(GenBank登记号：AP008210)的33049063-33049747位，其核苷酸序列与SEQ ID NO.2中从1183-1867位的核苷酸序列完全相同。