本发明公开了西洋参PqEXLA2蛋白及其编码基因与应用。本发明涉及药用植物分子生物领域,具体涉及西洋参PqEXLA2蛋白及其编码基因与应用。本发明的PqEXLA2蛋白质为A1)氨基酸序列为SEQ ID No.1;A2)将A1)的蛋白质经过氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与A1)所示的蛋白质具有80%以上的同一性且具有调控植物组织人参皂苷含量的蛋白质;A3)在A1)或A2)的N末端或/和C末端连接蛋白质标签得到的融合蛋白质。通过构建PqEXLA2的RNAi干扰载体并将其转入西洋参愈伤组织,对转基因愈伤组织的人参皂苷检测,结果表明干扰PqEXLA2基因的表达可以提高人参皂苷的含量。