本发明公开了偃麦草着丝粒区的特异探针,该探针为pThp901,荧光标记的单链DNA,所述单链DNA的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,所述偃麦草为长穗偃麦草(Thinopyrum ponticum本发明的pThp901可辅助识别小麦背景下的偃麦草染色体或其片段,相较于GISH分析,使用本发明的探针pThp901进行FISH鉴定,无需使用封阻,信号更强,因此更加方便快捷。探针pThp901还可用来探究整臂易位染色体的着丝粒组成。因此利用本发明的探针pThp901可推进偃麦草与小麦着丝粒序列的研究,助力小麦染色体工程育种。