本发明公开了一种棉花叶蜜腺相关基因GaNEC1及其应用，其核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。本发明通过对棉花高质量SNP进行叶片蜜腺的GWAS分析遗传分析，从而筛选出与蜜腺相关基因Ga12G1409，即基因GaNEC1。对GaNEC1的表达模式进行分析，表达谱显示，GaNEC1在下胚轴和叶片蜜腺中高表达，表明GaNEC1是与蜜腺发育相关的候选基因。结果和转空载体棉花相比，GaNEC1沉默棉花叶蜜腺在形状和大小均与空载体有较大的差别，说明GaNEC1沉默棉花的叶蜜腺形成受到了阻碍，进而说明GaNEC1基因参与棉花叶蜜腺的形成，与棉花的叶蜜腺密切相关
本发明公开了一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物及其应用，所述InDel标记引物包括引物NEC1‑F和引物NEC1‑R，引物NEC1‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2，引物NEC1‑R的核苷酸序列本发明以亚洲棉有叶蜜腺材料为父本，亚洲棉无叶蜜腺材料为母本，杂交得到F1，使F1自交得到F2，并以确定叶蜜腺性状的F1和F2群体为样本，群体基因组混池重测序分析确定与叶蜜腺关联的候选区间，并利用perl脚本在信号区间内共开发InDel标记36对，经合成之后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选，结果显示有1对InDel标记在有叶蜜腺和无叶蜜腺材料中表现出多态性，对应的NEC1‑F/NEC1‑R引物在有/无叶蜜腺棉花材料中表现出了紧密连锁的关系
本发明公开了一种棉花叶蜜腺相关的分子标记InDel‑GaNEC1、引物对及其应用，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。通过检测棉花种子或者幼苗植株是否具有上述分子标记，能够有效地在早期确定其是否具有叶蜜腺，为选育无蜜腺抗虫棉花提供有力的手段。具体地，具有InDel‑GaNEC1所示核苷酸序列且在分子标记位点纯合的个体，表现为棉花具有正常的叶蜜腺；缺失InDel‑GaNEC1所示核苷酸序列且在分子标记位点纯合的个体，表现为棉花的叶蜜腺的缺失；具有InDel‑GaNEC1所示核苷酸序列且在分子标记位点杂合的个体，表现为棉花具有正常的叶蜜腺。由此，本发明的分子标记与棉花叶蜜腺性状紧密相关，能够有效用于棉花的分子标记辅助育种。
