本发明提供了一种人骨形成蛋白2编码序列,所述人骨形成蛋白2的基因具有(a)或(b)结构的核苷酸序列;其中所述(a)的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;所述(b)的核苷酸序列具有与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列至少90%的同源性,且与SEQ ID NO:1功能相同能编码人骨形成蛋白2。本发明根据大肠杆菌表达系统设计了适合该表达系统的优化的人骨形成蛋白2编码序列,通过优化密码子获得更高的目的蛋白的表达量。本发明还提供一种大肠杆菌表达系统表达的人骨形成蛋白2纯化方法,通过该纯化方法可得到纯度达到95%以上的本发明的人骨形成蛋白2。