本发明公开了一种特异性结合Taq酶的核酸适配体,所述核酸适配体序列至少含有A序列、B序列中的一种。本发明还公开了上述特异性结合Taq酶的核酸适配体的筛选方法,如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2所示的DNA序列的筛选方法包括如下步骤:以Taq酶为靶标物质,经磁珠筛选和SPR‑SELEX筛选交替筛选得到本发明还公开了一种核酸适配体衍生物,所述核酸适配体衍生物是由上述核酸适配体序列的骨架衍生出的硫代磷酸酯骨架序列,或者是由上述核酸适配体改造成的肽核酸。本发明还公开了上述核酸适配体或上述核酸适配体衍生物在抑制Taq酶活性中的应用。