本发明提供一种耐高温耐强碱木聚糖酶及其在废纸脱墨中的应用,耐高温耐强碱木聚糖酶,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示;编码所述耐高温耐强碱木聚糖酶的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。所述耐高温耐强碱木聚糖酶在废纸脱墨中的应用。将待脱墨的废纸放入含有0.6~1.2 U/mg 耐高温耐强碱木聚糖酶的缓冲溶液中,在50‑90℃,pH5.0‑12.0条件下进行脱墨反应。本发明提供的木聚糖酶基因利用密码子优化技术实现在大肠杆菌中的高表达;表达的木聚糖酶无纤维素酶活性,具有耐高温、耐高碱性质;该木聚糖酶可应用于废纸脱墨,且具有比商业酶更高的效率,表现出良好的工业应用价值。