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[发明专利]一种基因序列比对方法、装置、服务器及介质-CN201910760811.4有效
发明人：崔星辰;史宏志;赵健;尹云峰 -专利权人：浪潮电子信息产业股份有限公司
申请日： 2019-08-16 - 公布日： 2023-08-04 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种基因序列比对方法、装置、服务器及介质，包括：对待比对基因序列进行分割，得到第一种子序列集；从参考序列中查找目标种子序列的位置；目标种子序列为与第一种子序列集中的种子序列相同的种子序列；从目标种子序列中确定出第二种子序列集；第二种子序列集中的多个种子序列之间的相对位置关系与第一种子序列集中的相应种子序列之间的相对位置关系一致；确定每个第二种子序列集的有效比对位置；第二种子序列集的有效比对位置为第二种子序列集中的任一种子序列的位置；基于每个有效比对位置在待比对基因序列和参考序列之间展开基因序列比对得到比对结果。这样，提高了基因序列比对的效率和精度。
一种基因序列方法装置服务器介质

[发明专利]利用零知识代码的认证方法和系统-CN201680055101.6有效
发明人： N·费希尔;L·高特龙 -专利权人：纳格拉影像股份有限公司
申请日： 2016-08-16 - 公布日： 2021-04-13 - 主分类号： H04L29/06 文献下载
摘要：所述处理包括生成具有第一数目的种子序列元素的种子序列。所述处理包括输出至少一个种子序列元素的指示。所述处理包括接收用于种子序列元素至少之一的至少一个种子序列元素修改量信号。所述处理包括按照至少一个接收的种子序列元素修改量信号，修改生成的种子序列。所述处理包括比较修改的种子序列和保存的访问序列。所述处理包括当修改的种子序列匹配保存的访问序列时，准许对可信附件的操作访问。所述处理包括当修改的种子序列不匹配保存的访问序列时，拒绝对可信附件的操作访问。
利用知识代码认证方法系统

[发明专利]测序结果比对方法及其应用-CN201911148507.0在审
发明人：朱欠华;杨林峰;万胜青 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2019-11-21 - 公布日： 2021-05-21 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：该方法包括：将参考序列按照第一预定长度进行k‑mer切分，构建索引库；基于每条测序读段的序列，确定种子序列集合，所述种子序列集合由多个种子序列构成，所述种子序列集合中所述种子序列的数目大于比对所允许的错配数，并且所述种子序列的长度不超过所述第一预定长度；将所述种子序列集合的至少一部分与所述索引库进行匹配；将测序读段与匹配上的参考序列进行全局比对。
结果方法及其应用

[发明专利]考虑种子片段的长度的碱基序列处理系统及方法-CN201310009347.8有效
发明人：朴旻胥 -专利权人：三星SDS株式会社
申请日： 2013-01-10 - 公布日： 2013-09-18 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开考虑种子片段的长度的碱基序列处理系统及方法。根据本发明一实施例提供的参考序列处理系统包括：种子片段提取部，从对象碱基序列提取种子片段；索引生成部，将由所述种子片段提取部提取的所述种子片段编入索引，而且构成为所提取的所述种子片段的长度通过考虑从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数来设定
考虑种子片段长度碱基序列处理系统方法

[发明专利]一种序列比对的方法、系统、设备及可读存储介质-CN202010176199.9在审
发明人：赵健;史宏志;崔星辰 -专利权人：苏州浪潮智能科技有限公司
申请日： 2020-03-13 - 公布日： 2020-07-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种序列比对的方法，包括：获取索引表及初始种子；根据索引表确定初始种子在参考序列上的出现次数，并判断出现次数是否超过设定阈值；若是，则根据初始种子生成新种子；若否，则将初始种子作为待比对种子，并利用待比对种子进行序列比对。本申请通过索引表确定初始种子在参考序列上的出现次数来选定待比对种子，将出现次数超过阈值的初始种子排除，直到初始种子的出现次数小于或等于阈值位置，使得在参考序列上进行局部比对时尽可能减少了参考序列上需要比对的位置，实现了对冗余数据项的过滤，进而提高了序列比对的处理效率和比对精度。本申请同时还提供了一种序列比对的系统、设备及可读存储介质，具有上述有益效果。
一种序列方法系统设备可读存储介质

[发明专利]一种针对序列间重叠检测的方法-CN202211280417.9有效
发明人：孔唐潮;刘博;王亚东 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-10-19 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：一种针对序列间重叠检测的方法，具体涉及一种基于第三代测序技术ONT数据的序列间重叠检测的方法，本发明为了解决第三代测序技术在重叠检测时是全部序列进行比对，导致比对速度慢、内存消耗大，且第三代测序技术具有较高的错误率，产生的序列间重叠检测结果准确率不高，可靠性低的问题，它首先将获取的测序序列分为种子序列和映射序列；再构建种子序列的二级哈希索引表；计算种子序列的过滤阈值；最终利用种子序列的二级哈希索引表和过滤阈值将种子序列和映射序列进行比对，得到种子序列和映射序列的重叠信息，再以迭代的方式在每轮迭代开始时重新选取种子序列和映射序列，并重复上述操作，得到测序序列的重叠信息。属于序列重叠检测领域。
一种针对序列重叠检测方法

[发明专利]一种用于NAND Flash随机化的随机序列种子生成方法及其系统-CN202310170602.0有效
发明人：温佳强;赖鼐;龚晖 -专利权人：珠海妙存科技有限公司
申请日： 2023-02-27 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： G06F3/06 文献下载
摘要：本发明提供一种用于NAND Flash随机化的随机序列种子生成方法及其系统，该方法包括计算出待选择原始种子的种子索引；基于种子索引在基础种子库获取原始种子；对获取到的原始种子进行扩展运算，通过扩展参数获得多个扩展操作类型与操作数，基于扩展操作类型与操作数完成种子扩展运算，得到伪随机序列种子；将伪随机序列种子输入伪随机序列生成器，产生伪随机序列；使用伪随机序列进行可逆随机化操作，获得随机化数据或者原始数据。应用本发明在不增加种子存储空间的前提下，提供足够的种子满足更大容量的NAND Flash物理Block对种子数量的需求，同时保证随机化的随机效果。
一种用于 nand flash 随机化随机序列种子生成方法及其系统

[发明专利]一种ZC序列的产生方法和装置-CN201410715057.X在审
发明人：林江南;解凯;苏泳涛;周一青;石晶林;冯雪林 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2014-12-01 - 公布日： 2015-04-08 - 主分类号： H04J13/00 文献下载
摘要：本发明提供一种ZC序列的产生方法，包括：1)根据需要产生的ZC序列的根指数确定当前根指数；2)将所述当前根指数分解为种子序列集合中的种子序列根指数的加权和形式的表达式，该表达式中的加权系数均为非负整数；所述种子序列集合是预先存储的具有不同根指数的ZC序列的集合，所述种子序列集合中所存储的各个ZC序列均为种子序列；3)根据步骤2)中得到的加权系数对相应的种子序列进行累乘，获得当前根指数所对应的ZC序列，进而得出需要产生的ZC序列。本发明还提供了相应的ZC序列的产生装置。本发明能够快速、准确的产任意根指数的ZC序列；能够降低ZC序列产生过程所需的存储空间；并且本发明特别适合利用DSP快速产生ZC序列。
一种 zc 序列产生方法装置

[发明专利]碱基序列比对系统及方法-CN201310367008.7有效
发明人：朴旻胥;朴商贤;吕润九 -专利权人：三星SDS株式会社;延世大学校产学协力团
申请日： 2013-08-21 - 公布日： 2017-03-01 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明公开一种碱基序列比对系统及方法。根据本发明一个实施例的碱基序列比对系统，用于将包含第一序列及第二序列的一对碱基序列比对到参考序列，包括种子序列生成单元，从所述第一序列及所述第二序列中分别生成一个以上的片段，并由此构成第一种子序列集合及第二种子序列集合；映射值计算单元，将所述参考序列划分为多个区间，并按所述多个区间分别计算包含于所述第一种子序列集合中的种子序列在对应区间内的第一映射值以及包含于所述第二种子序列集合中的种子序列在对应区间内的第二映射值；比对单元，选择计算出的所述第一映射值及所述第二映射值均为基准值以上的第一区间，并在所述第一区间内搜寻所述第一序列及所述第二序列的映射位置。
碱基序列系统方法

[发明专利]一种种子生成方法及其设备-CN201811027003.9在审
发明人：孔燕斌 -专利权人：上海易酷信息技术服务有限公司
申请日： 2018-09-04 - 公布日： 2019-01-08 - 主分类号： H04L9/08 文献下载
摘要：本发明实施例公开一种种子生成方法及其设备，其中方法包括如下步骤：获取算法密钥，并根据所述算法密钥和种子算法组生成目标种子算法序列，然后获取输入的种子生成数据，最后将所述种子生成数据输入所述目标种子算法序列，生成所述种子生成数据对应的种子。具体实现中目标种子算法采用种子选择算法生成，种子选择算法输入算法密钥，计算轮次，目标种子算法组，输出当前计算轮次采用的目标种子算法，所有的计算轮次的目标种子算法组合为目标种子算法序列。采用本发明，通过目标种子算法序列生成种子，可以增加第三方通过种子生成数据碰撞出种子的计算复杂度，进而可以提高种子的安全性。
种子算法种子生成算法密钥种子选择计算复杂度数据对应数据碰撞算法生成序列生成第三方组生成算法输出

[发明专利]一种从Web点击流数据中挖掘代表序列模式的方法-CN202110096836.6有效
发明人：赵宇海;汪嗣尧;王若飞;马生俊;印莹 -专利权人：东北大学
申请日： 2021-01-25 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G06F16/9535 文献下载
摘要：本发明提供一种从Web点击流数据中挖掘代表序列模式的方法，涉及序列模式挖掘技术领域。该方法首先输入Web点击流序列数据集、最小支持度和最大覆盖度，并遍历一次数据集保留不小于最小支持度的所有频繁站点作为序列生成种子；对每一个序列生成种子采用缝隙扩展枚举树，结合缝隙扫描剪枝策略和闭合检查得到该种子的所有频繁闭合超序列；进一步采用局部代表序列筛选技术选出该种子的所有代表序列；遍历所有序列生成种子，输出每个种子的代表序列，得到Web点击流数据的所有代表序列模式。优点是：代表序列模式能有效解决频繁序列模式数量庞大而可用性低的矛盾，能增强结果的可用性；为Web点击流的在线用户行为分析、信息推荐、引擎优化等应用提供参考。
一种 web 点击数据挖掘代表序列模式方法

[发明专利]一种基因序列比对的方法、系统及相关组件-CN201810827902.0有效
发明人：赵健;史宏志;李龙;崔星辰;尹云峰 -专利权人：郑州云海信息技术有限公司
申请日： 2018-07-25 - 公布日： 2022-02-18 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种基因序列比对的方法，所述方法包括确定待对比序列和参考序列，并根据参考序列确定指针表和候选对比位置表；从待对比序列中提取预设长度的种子序列，并确定种子序列的索引值；根据种子序列的索引值查询指针表和候选对比位置表判断参考序列中是否存在种子序列对应的位置信息；若是，则将种子序列作为待扩展序列，根据位置信息以参考序列为基准对待扩展序列进行扩展操作得到中间序列，并对比中间序列与待对比序列得到基因序列比对结果。本方法能够能够降低存储参考序列索引值的表的存储空间，提高基因序列比对速率。本申请还公开了一种基因序列比对的系统、一种计算机可读存储介质及一种电子设备，具有以上有益效果。
一种基因序列方法系统相关组件

[发明专利]一种快速比对基因数据的方法和比对系统-CN201810706545.2有效
发明人：史宏志;赵健;崔星辰;尹云峰 -专利权人：郑州云海信息技术有限公司
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2022-03-08 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请实施例公开了一种快速比对基因数据的方法，包括：FPGA从缓存中读取待比对基因和参考基因，待比对基因长度为L；FPGA根据待比对基因和预设算法从参考基因中确定多个目标种子，目标种子为与待比对基因匹配的一定长度的基因序列；FPGA从多个目标种子选取相似度最高的种子作为最优种子；FPGA根据最优种子在参考序列中的位置截取预设长度的基因序列得到估计序列，估计序列的长度大于或等于最优种子的长度；FPGA将最优种子和估计序列通过计算最短编辑距离对最优种子进行评分，评分用于指示最优种子的准确性和真实性；FPGA根据最优种子的评分输出最优的比对结果。
一种速比基因数据方法系统

[发明专利]碱基序列对准系统及方法-CN201410276504.6在审
发明人：朴旻壻 -专利权人：三星SDS株式会社
申请日： 2014-06-19 - 公布日： 2014-12-24 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开一种碱基序列对准系统及方法。根据本发明的一个实施例的一种碱基序列对准系统，包括：种子生成单元，由所接收的短片段(read)生成多个种子(seed)；筛选单元，将生成的所述种子映射于参考序列(reference sequence)，并通过考虑映射的种子之间的间隔(gap)而选择所述映射的种子中的全局对准对象种子；对准单元，在被选择的所述种子的所述参考序列上的映射位置上执行所述短片段的针对所述参考序列的全局对准(global alignment
碱基序列对准系统方法

[发明专利]用于碱基序列分析的参考序列处理系统及方法-CN201310009073.2无效
发明人：朴旻胥;金判奎;全皓湘 -专利权人：三星SDS株式会社
申请日： 2013-01-10 - 公布日： 2013-09-11 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开用于碱基序列分析的参考序列处理系统及方法。根据本发明一实施例提供的参考序列处理系统包括：种子片段提取部，从参考序列提取种子片段；判断部，判断由所述种子片段提取部提取的所述种子片段中是否存在不明确的碱基；索引生成部，当所述种子片段中存在不明确的碱基时，将所述种子片段加入到索引中。
用于碱基序列分析参考处理系统方法

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