本发明公开了根瘤菌中含有SH3结构域的蛋白的基因及其相关生物材料和应用。本发明首先公开了氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示的蛋白质在调控植物生长、结瘤固氮能力、根瘤鲜重、叶绿素含量和/或地上部分干重中的应用。本发明进一步公开了重组根瘤菌及促进植物生长、提高植物的共生固氮能力、调控植物的根瘤个数、提高植物的根瘤鲜重、提高植物的地上部分干重和/或提高植物的叶绿素含量的方法。本发明将SH3基因删除根瘤菌突变体作用于豆科植物,使得豆科植物共生固氮效率提高,表现为根瘤鲜重、地上部分干重和叶绿素含量增加,这对于发挥共生固氮作用,提高豆科植物产量,减少化学氮肥施用,促进可持续农业发展有着潜在的应用价值