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[发明专利]基因序列优化方法、装置及数据处理终端-CN201910286208.7有效
发明人：符红光;钟秀琴;梁晏宾;许阳;黄磊 -专利权人：电子科技大学
申请日： 2019-04-10 - 公布日： 2020-10-02 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请实施例提供一种基因序列优化方法、装置及数据处理终端，通过获取待优化的密码子序列对应的氨基酸序列，并将该氨基酸序列导入至预先建立的优化模型进行优化以得到密码子盒序列。其中，该密码子盒序列中包含的每组密码子盒对应至少一组密码子且对应于同一组密码子盒的密码子包含的密码元素相同。再针对各密码子盒，获得该密码子盒对应的密码子，以及该密码子盒对应的氨基酸所对应的密码子，根据两者对应的密码子获得优化的密码子，利用该优化的密码子对待优化的密码子序列进行优化。如此，通过优化得到密码子盒的方式，简化了优化过程的复杂度，并结合氨基酸及密码子盒对应的密码子以得到优化密码子的方式，提高了优化密码子的准确度。
基因序列优化方法装置数据处理终端

[发明专利]一种密码子序列优化方法、装置、计算机设备及存储介质-CN202211384807.0有效
发明人：胡勇;王瀚宇;严志祥 -专利权人：深圳市瑞吉生物科技有限公司;武汉瑞佶生物科技有限公司
申请日： 2022-11-07 - 公布日： 2023-01-20 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本说明书涉及生物工程技术领域，尤其涉及一种密码子序列优化方法、装置、计算机设备及存储介质。其中密码子序列优化方法包括针对待优化蛋白序列，根据氨基酸与密码子映射表，随机生成多个待优化密码子序列，待优化蛋白序列包括多个氨基酸，待优化密码子序列包括多个密码子；以及利用蒙特卡洛树搜索算法针对多个待优化密码子序列进行处理，确定第一预目标密码子序列。利用本说明书实施例，采用蒙特卡洛树搜索算法，针对待优化蛋白序列生成的多个待优化密码子序列进行处理，得到第一预目标密码子序列，规避了采用遗传算法陷入局部最优的问题。
一种密码子序列优化方法装置计算机设备存储介质

[发明专利]一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法-CN201610838127.X有效
发明人：李阳 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2016-09-21 - 公布日： 2019-04-05 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。
一种基于密码子使用频度基因优化方法

[发明专利]一种密码子优化的重组人溶菌酶基因及其应用-CN201810257256.9有效
发明人：成功;昝林森;王力 -专利权人：西北农林科技大学
申请日： 2018-03-27 - 公布日： 2021-07-13 - 主分类号： C12N15/56 文献下载
摘要：本发明涉及一种密码子优化的重组人溶菌酶基因及其应用，该密码子优化的重组人溶菌酶基因是通过比较牛乳腺优势乳蛋白高频密码子和低频密码子对人溶菌酶密码子进行全局优化(Lyzop)和翻译起始后23位密码子进行优化优化后的密码子显著提高了人溶菌酶mRNA稳定性及在牛乳腺细胞中mRNA表达量。通过蛋白免疫印迹实验证明，密码子优化的重组人溶菌酶基因在牛乳腺细胞中表达量是野生型的2.18倍。同时，将密码子优化的重组人溶菌酶基因与荧光素酶融合表达，通过分析荧光素酶表达量，实现密码子优化效果的快速、准确评价，为今后开展基因密码子优化提供了新的可靠评价方法。
一种密码子优化重组人溶菌酶基因及其应用

[发明专利]一种包含密码子优化CFP10基因的结核DNA疫苗-CN201810896292.X在审
发明人：方强;薛玉琴;王英;王雪梅;夏惠;陶志勇;李江艳;李柏青 -专利权人：蚌埠医学院
申请日： 2018-08-08 - 公布日： 2018-12-21 - 主分类号： C12N15/31 文献下载
摘要：本发明属于含有抗原或抗体的医药配制品技术领域，公开了一种包含密码子优化CFP10基因的结核DNA疫苗，密码子优化CFP10基因序列为SEQ ID NO：1；公开一种包含密码子优化CFP10基因的结核DNA疫苗；结核DNA疫苗的制备方法包括优化CFP10密码子；构建密码子优化CFP10表达质粒。本发明对CFP10的编码密码子进行人体密码子偏嗜性改造，改变编码CFP10的编码密码子，使其在人体更高效表达CFP10蛋白，且表达的CFP10蛋白的氨基酸序列不变，从而提升DNA疫苗的免疫效果。
密码子优化基因编码密码蛋白密码子偏嗜性氨基酸序列医药配制品表达质粒高效表达免疫效果密码子抗原构建抗体制备优化改造

[发明专利]一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法及应用-CN201910715705.4有效
发明人：徐盛春;郑元庭;徐飞;李素娟;邵健丰;王钢军;李琪恺 -专利权人：浙江省农业科学院
申请日： 2019-08-05 - 公布日： 2021-08-17 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法，该方法包括：获取宿主细胞全基因组的核苷酸序列和全蛋白组的氨基酸序列；以密码子对为统计对象，统计每个密码子对在宿主细胞全基因组中的权重；选定待优化蛋白，构建一个以密码子为节点、上下游密码子对间的权重值为线值的单向图模型；根据单向图模型，得到优化后基因的核苷酸序列。本发明利用宿主细胞的全基因组和全蛋白组作为序列库，以密码子对为统计对象，通过构建以密码子为节点、上下游密码子对间的权重值为线值的单向图模型，来获得最优的密码子组合顺序，得到具有最优化核苷酸序列的优化基因，该优化基因能够在体外高效表达，表达量显著提高。
一种用于基因体外表达密码子优化方法应用

[发明专利]基于伊辛机量子退火的密码子优化方法-CN202210115074.4在审
发明人：方波;钱龙 -专利权人：上海图灵智算量子科技有限公司
申请日： 2022-02-02 - 公布日： 2022-05-17 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明涉及到基于伊辛机量子退火的密码子优化方法。首先需要对mRNA上的密码子进行编码。然后再构建用于密码子优化的伊辛哈密顿量。之后需要通过量子退火伊辛机将伊辛哈密顿量演化到其最小值。最后根据量子退火伊辛机的输出结果，得到每个氨基酸对应的密码子。选择最可能的密码子的组合的过程被称之为密码子优化，本申请可以解决密码子优化方面的多项式复杂程度的非确定性问题。
基于伊辛机量子退火密码子优化方法

[发明专利]一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系-CN202111673482.3在审
发明人：郭敏;熊亮;周伟峰;徐丽琼;徐秀珍;唐磊;曹平生;于雪 -专利权人：康码（上海）生物科技有限公司
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-15 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。
一种蛋白质表达体系密码子优化方法

[发明专利]一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系-CN202211060298.6在审
发明人：郭敏;熊亮;周伟峰;徐丽琼;徐秀珍;唐磊;曹平生;于雪 -专利权人：康码（上海）生物科技有限公司
申请日： 2022-08-31 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。
一种蛋白质表达体系密码子优化方法

[发明专利]一种高效的密码子优化方法-CN202210962287.0在审
发明人：喻明军;缪仕松;崔康乐;李晓睿;张玲玲 -专利权人：通用生物（安徽）股份有限公司
申请日： 2022-08-11 - 公布日： 2022-10-25 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种高效的密码子优化方法，属于基因合成领域，涉及密码子优化技术，本发明在进行密码子优化时，不但可以同时结合多种优化宿主，并且在优化过程中区分优化序列以及不需要优化序列，进行不同位置的输入，减少密码子优化的工作量，进而侧面加快密码子优化效率，达到高效密码子优化的需求；含量限定单元、长度限定单元、序列屏蔽单元以及规避酶切位点的设定，使得常见影响蛋白表达的重复序列、RNA环状结构、RNA发卡状结构得以控制，规避了影响
一种高效密码子优化方法

[发明专利]优化的因子VIII基因-CN201780020889.1有效
发明人：谭思元;刘彤瑶 -专利权人：比奥贝拉蒂治疗公司
申请日： 2017-01-31 - 公布日： 2023-02-17 - 主分类号： C12N9/64 文献下载
摘要：本公开提供密码子优化的因子VIII序列、包含密码子优化的因子VIII序列的载体和宿主细胞、由密码子优化的因子VIII序列编码的多肽和产生此类多肽的方法。本公开还提供治疗如血友病等出血病症的方法，所述方法包括向受试者施用密码子优化的因子VIII核酸序列或由其编码的多肽。
优化因子 viii 基因

[发明专利]一种提高目的基因在宿主体内表达水平的密码子优化方法-CN201810030102.6在审
发明人：左永春;贾雪琦;赵小庆 -专利权人：内蒙古大学
申请日： 2018-01-12 - 公布日： 2019-11-08 - 主分类号： C12N15/67 文献下载
摘要：本发明公开了一种提高目的基因在宿主体内表达水平的密码子优化方法，包括以下步骤：第一步，对目的基因和宿主基因组的密码子进行密码子偏爱性分析；第二步，比较并总结密码子使用差异，找出可能的限速密码子；第三步，将目的基因编码序列中的限速密码子进行替换优化；第四步，编码序列前后分别连接宿主管家基因的5’UTR和3’UTR；第五步，对起始密码子上游30bp附近的碱基进行优化；第六步，对DNA甲基化寡片段进行优化；第七步，排除优化后目的基因中的常见限制性内切酶位点；第八步，对优化结果表达水平进行预测。本发明的优化方法能提高目的基因在宿主内的表达水平。
目的基因宿主密码子优化密码子优化编码序列表达水平体内表达限速限制性内切酶位点密码子偏爱性密码子使用起始密码子宿主基因组管家基因优化结果碱基替换上游预测分析

[发明专利]优化的因子VIII基因-CN202310074417.1在审
发明人：谭思元;刘彤瑶 -专利权人：比奥贝拉蒂治疗公司
申请日： 2017-01-31 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本公开涉及优化的因子VIII基因。本公开提供密码子优化的因子VIII序列、包含密码子优化的因子VIII序列的载体和宿主细胞、由密码子优化的因子VIII序列编码的多肽和产生此类多肽的方法。本公开还提供治疗如血友病等出血病症的方法，所述方法包括向受试者施用密码子优化的因子VIII核酸序列或由其编码的多肽。
优化因子 viii 基因

[发明专利]使用工程化的解酯耶氏酵母生产高蛋白秸秆饲料的方法-CN201610227696.0有效
发明人：宋慧婷;江正兵;刘诗慧;高媛;马向东;李蓉;李诺楠 -专利权人：湖北大学
申请日： 2016-04-13 - 公布日： 2017-07-07 - 主分类号： A23K10/30 文献下载
摘要：本发明涉及一种使用工程化的解酯耶氏酵母生产高蛋白秸秆饲料的方法，其特征在于，使用分别转入了密码子优化的β‑葡萄糖苷酶编码基因、密码子优化的外切葡聚糖酶编码基因和密码子优化的内切葡聚糖酶编码基因的三种工程化的解酯耶氏酵母的混合物对秸秆与氯化铵的混合物发酵来生产所述饲料成分，其中，所述密码子优化的β‑葡萄糖苷酶编码基因序列如SEQ ID NO1所示，所述密码子优化的外切葡聚糖酶编码基因序列如SEQ ID NO2所示，并且所述密码子优化的内切葡聚糖酶编码基因序列如SEQ ID
使用工程解酯耶氏酵母生产高蛋白秸秆饲料方法

[发明专利]密码子优化的RPGRORF15基因及其用途-CN202180072680.6在审
发明人： D·H·基恩;M·A·科特尔曼;D·沙菲尔;P·弗朗西斯 -专利权人： 4D分子治疗有限公司
申请日： 2021-08-30 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： A61K9/14 文献下载
摘要：本公开提供了密码子优化的RPGRorf15序列、包含密码子优化的RPGRorf15序列的载体和宿主细胞，以及治疗视网膜病症，诸如XLRP的方法，所述方法包括向受试者施用密码子优化的RPGRorf15序列
密码子优化 rpgrorf15 基因及其用途

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