本发明提供了一种检测番鸭呼肠孤病毒和新型番鸭细小病毒的引物探针组合,属于畜禽疾病诊断技术领域,包括引物对和探针,所述引物对的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,所述引物对的下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示;所述探针包括番鸭呼肠孤病毒探针和新型番鸭细小病毒探针,所述番鸭呼肠孤病毒探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示,所述新型番鸭细小病毒探针的核苷酸序列如SEQ ID No采用本发明提供的引物探针组合能够对引起种鸭跛行的番鸭呼肠孤病毒和新型番鸭细小病毒进行快速鉴别诊断。