本发明提供一种鉴别榄绿青蟹、拟穴青蟹和锯缘青蟹的SNP分子标记,所述的分子标记在榄绿青蟹中的核苷酸序列为SEQ ID NO:1、在拟穴青蟹中的核苷酸序列为SEQ ID NO:2、在锯缘青蟹中的核苷酸序列为本发明提供一种鉴别榄绿青蟹、拟穴青蟹和锯缘青蟹的方法,所述的方法是通过待检测的青蟹样品中是否存在上述所提及的SNP分子标记来判断样品的种属。本发明获得了能够有效鉴别榄绿青蟹、拟穴青蟹和锯缘青蟹的SNP分子标记;在上述分子标记中设计引物,通过高分辨率熔融曲线HRM对青蟹进行分型,从而快速、准确鉴别青蟹种质,为青蟹的育苗养殖提供技术支持。