本发明提供了一种利用InDel分子标记鉴定茄子显性单性结实基因的引物对及其应用,所述利用InDel分子标记鉴定茄子显性单性结实基因的引物对包括SEQ ID No.1~2所示的核苷酸序列。本发明还提供了一种与茄子显性单性结实基因连锁的InDel分子标记、一种鉴定茄子显性单性结实基因的试剂盒以及一种鉴定茄子显性单性结实基因的方法。利用本发明中的InDel分子标记以及相应的引物对,可在茄子的显性单性结实基因的选育过程中作为辅助选择,筛选效率高,且不受茄子的生长周期的限制,适用性强,提高了茄子显性单性结实系的选育效率,极大地缩短了育种周期