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[发明专利]一种异构数据不依赖型蛋白质组学质谱分析系统及方法-CN202011005330.1有效
发明人：钟传奇;陈希;韩强强;尚骏;黄邵鑫;刘宜子;杜博贾;杨勇;周欣 -专利权人：谱度众合（武汉）生命科技有限公司
申请日： 2020-09-23 - 公布日： 2022-07-08 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种异构数据不依赖型蛋白质组学质谱分析系统及方法。所述系统包括本地客户端和云端高性能服务器。所述方法，包括以下步骤：(1)本地客户端读取本地异构数据不依赖型蛋白质组学质谱数据，调用云端高性能服务器，获取数据解释器；(2)本地客户端在本地完成数据解释及谱图提取、伪肽段生成后，将肽段谱图数据、伪肽段以及目标检测肽段，提交给高性能服务器端；(3)所述高性能服务器，根据所述本地客户端提供的肽段谱图数据、伪肽段、以及目标检测肽段进行数据分析，将计算的蛋白质组学分析结果，返回给所述本地客户端。本发明能兼顾原始数据不依赖型蛋白质组学质谱数据的私密性和强大的运算能力。
一种数据不依赖蛋白质组学质谱分析系统方法

[发明专利]一种用于监测磷酸化蛋白质组学中磷酸化肽段富集过程的方法-CN202310585540.X在审
发明人：张宝;陈亮宇;李捷 -专利权人：谱天（天津）生物科技有限公司
申请日： 2023-05-23 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于监测磷酸化蛋白质组学中磷酸化肽段富集过程的方法，包括以下步骤：1)设置至少两组外源肽段参考品，每组外源肽段参考品至少包含三条含有不同磷酸化修饰位点的肽段，并且对于每一组中每种肽段，在其他各组中均有序列一致，但是同位素标记不同的对应肽段；2)在样品处理过程中，在不同的时间点加入上述不同的外源肽段参考品，且任意两组外源肽段参考品加入的时间点之间，均包括磷酸化肽段富集的步骤；3)进样检测，提取处理数据，定量外源肽段参考品，计算不同磷酸化修饰肽段的得率比值，以此评价两个外源肽段参考品加入时间点之间的磷酸化富集过程是否合格。该方法能有效评价磷酸化肽段富集效率。
一种用于监测磷酸化蛋白质组学中富集过程方法

[发明专利]一种用于监测甲基化蛋白质组学中甲基化肽段富集过程的方法-CN202310756177.3在审
发明人：乔舰;张宝;陈亮宇;李捷 -专利权人：谱天（天津）生物科技有限公司
申请日： 2023-06-26 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于监测甲基化蛋白质组学中甲基化肽段富集过程的方法，包括以下步骤：1)设置至少两组外源肽段参考品，每组外源肽段参考品至少包含有三种不同甲基化修饰位点的肽段，并且对于每一组中每种肽段，在其他各组中均有序列一致，但是同位素标记不同的对应肽段；2)在样品处理过程中，在不同的时间点加入上述不同的外源肽段参考品，且任意两组外源肽段参考品加入的时间点之间，均包括甲基化肽段富集的步骤；3)进样检测，提取处理数据，定量外源肽段参考品，计算不同甲基化修饰肽段的得率比值，以此评价两个外源肽段参考品加入时间点之间的甲基化富集过程是否合格。该方法能有效评价甲基化肽段富集效率。
一种用于监测甲基化蛋白质组学中富集过程方法

[发明专利]一种用于监测泛素化蛋白质组学中泛素化肽段富集过程的方法-CN202310852603.3在审
发明人：乔舰;张宝;陈亮宇;李捷 -专利权人：谱天（天津）生物科技有限公司
申请日： 2023-07-12 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于监测泛素化蛋白质组学中泛素化肽段富集过程的方法，包括以下步骤：1)设置至少两组外源肽段参考品，每组外源肽段参考品至少包含一条有泛素化修饰位点的肽段，并且对于每一组中每种肽段，在其他各组中均有序列一致，但是同位素标记不同的对应肽段；2)在样品处理过程中，在不同的时间点加入上述不同的外源肽段参考品，且任意两组外源肽段参考品加入的时间点之间，均包括泛素化肽段富集的步骤；3)进样检测，提取处理数据，定量外源肽段参考品，计算不同泛素化修饰肽段的得率比值，以此评价两个外源肽段参考品加入时间点之间的泛素化富集过程是否合格。该方法能有效评价泛素化肽段富集效率。
一种用于监测泛素化蛋白质组学中泛素化肽段富集过程方法

[发明专利]一种翻译后修饰蛋白质组学的检测和定量方法-CN201710183629.8有效
发明人：戴伦治 -专利权人：四川大学
申请日： 2017-03-24 - 公布日： 2020-06-19 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及比较蛋白质组学技术领域，具体而言，涉及一种翻译后修饰蛋白质组学的检测和定量方法，该方法对待检蛋白样品及内标物进行等重串联质量标签标记，对标记后的混合物进行串联质谱分析；其中，所述内标物为富含待检测翻译后修饰的肽段混合物通过该方法可对含有待检测翻译后修饰肽段信号进行放大，从而在质谱灵敏度不变，且不需要对翻译后修饰肽段进行富集的情况下，提高翻译后修饰肽段被质谱检测并进行MS/MS分析的几率。
一种翻译修饰蛋白质检测定量方法

[发明专利]基于多组学丰度信息的蛋白质二级质谱鉴定方法-CN201610737420.7有效
发明人：谢尚潜;肖传乐;谢志 -专利权人：中山大学中山眼科中心
申请日： 2016-08-26 - 公布日： 2019-03-19 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多组学丰度信息的蛋白质二级质谱鉴定方法。该基于多组学丰度信息的蛋白质二级质谱鉴定方法包括如下步骤：1)利用转录组或翻译组多组学的丰度信息数据和实验图谱数据的初步鉴定结果，构建初步鉴定蛋白和多组学丰度信息的对应关系；2)通过初步关系评估多组学丰度信息的蛋白鉴定能力；3)将多组学丰度信息的蛋白鉴定能力融入到实验图谱和理论图谱的肽段打分中，选择得分最高的肽段作为此实验图谱的最终鉴定结果。基于多组学丰度信息的蛋白质二级质谱鉴定方法的鉴定有效质谱量和蛋白质肽段数均高于目前的算法，同时能多核并行快速运行，鉴定效率大大提高。
基于多组学丰度信息蛋白质二级鉴定方法

[发明专利]一种基于特征肽段评价核桃肽品质的方法及其应用-CN202310632001.7在审
发明人：梁鑫淼;王超然;郭秀洁;杨佳颖;徐伟;董海临;金郁 -专利权人：泰州医药城国科化物生物医药科技有限公司
申请日： 2023-05-31 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于特征肽段评价核桃肽品质的方法及其应用，肽段包括肽段一：FY和肽段二：ALPED。本发明运用质谱多肽组学定向分析技术，通过大量实验筛选得到两条核桃肽的特征肽段，这两条特征肽段具有很高的专属性，可用于鉴定核桃肽。并找到了不同厂家研究核桃肽在多肽成分和含量上的差异，并且本发明提供的核桃肽的鉴别方法，通过大量实验筛选出最佳的色谱条件和质谱条件，整个方法操作简单，准确性高，有利于核桃肽的质量控制，不需要单体对照品为对照，只根据核桃肽样品中特征肽段的质谱信息即可进行定性分析，可大大提高核桃肽中特征肽段的检测效率和准确度，可以填补核桃肽研究中的空白，对保证核桃肽的质量具有重要的意义。
一种基于特征评价核桃品质方法及其应用

[发明专利]燕窝特征性肽段、其筛选方法及应用-CN202210628516.5在审
发明人：王东亮;戴建业;郭伟恒;林小仙;苗树 -专利权人：北京小仙炖生物科技有限公司
申请日： 2022-06-06 - 公布日： 2022-10-04 - 主分类号： C07K7/06 文献下载
摘要：本发明涉及一种可用于燕窝真伪鉴定的特征性肽段，其包含21个肽段氨基酸序列。在进行燕窝真伪鉴定时，酶解待检品，再经还原、烷基化后，进行高效液相色谱分离，通过高分辨质谱分析，将得到的蛋白肽段与上述特征性肽段进行对比。本发明还提供上述特征性肽段的筛选方法。本发明从燕窝中鉴定出了21个特征性肽段，大大丰富了燕窝特征性肽段的数目，并且基于蛋白质组学技术，利用胶内酶切方法鉴定了不同分子量的燕窝蛋白和肽段，建立了一种燕窝特征性肽段的筛选方法。
燕窝特征性肽段筛选方法应用

[发明专利]一种蛋白质组学中肽段的肽段定量效率预测方法-CN201810216313.9有效
发明人：付岩;常乘;高志强;朱云平 -专利权人：中国科学院数学与系统科学研究院;中国人民解放军军事科学院军事医学研究院;北京蛋白质组研究中心
申请日： 2018-03-16 - 公布日： 2020-06-05 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质组学中肽段的肽段定量效率预测方法，其步骤包括：1)筛选出高可信蛋白，将高可信蛋白的鉴定肽段作为高可信肽段；2)计算所述高可信肽段的物理化学性质和肽段定量效率；其中，所述肽段定量效率为肽段的质谱信号强度对肽段的真实量的反应程度；3)基于高可信肽段的物理化学性质和肽段定量效率，构建预测肽段定量效率模型的训练集；然后利用该训练集训练得到肽段定量效率预测模型；4)利用所述肽段定量效率预测模型预测鉴定蛋白的各鉴定肽段的肽段定量效率。本发明的方法使用高可信肽段构建训练集，在线训练肽段定量效率，排除了实验操作，实验仪器等引起的误差。
一种蛋白质组学中肽段定量效率预测方法

[发明专利]一种应用于定量蛋白质组学研究的双稀土金属标记肽段合成及定量新方法-CN202210252802.6在审
发明人：秦伟捷;孙浩帆;张万军 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2022-03-15 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： G01N30/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种双稀土金属标记肽段合成及定量新方法，应用于定量蛋白质组学的研究。该方法通过在一定条件下，将DOTA精确合成到肽段特殊位点的方式，实现肽段的双重稀土金属标记。肽段可以通过标记的稀土金属实现精准的相对定量。本发明突破了现有几类常用定量标记的技术瓶颈，在扩大标记选材库的同时保证了标记效率，降低了标记成本与时间成本，为定量蛋白质组学提供了大规模高通量鉴定的新方法，对生物医学及药物化学领域中的差异蛋白质组或比较蛋白质组分析起到了极大的支撑作用
一种应用于定量蛋白质研究稀土金属标记合成新方法

[实用新型]蛋白质组学中肽段除盐装置-CN202221808058.5有效
发明人：金桂丽;马贤良;伊兴领;朱双甜 -专利权人：杭州聚米生物科技有限公司
申请日： 2022-07-12 - 公布日： 2022-11-11 - 主分类号： B01D15/10 文献下载
摘要：本实用新型涉及肽段除盐技术领域，具体为蛋白质组学中肽段除盐装置，包括底座，所述底座的顶端面呈固定安装有导向柱，四根所述导向柱的顶部固定安装有固定板，且四根所述导向柱上滑动安装有支撑板，所述固定板的顶板上固定安装有气缸所述气缸的活塞杆贯穿固定板的顶板并固定连接在支撑板的顶板上，所述支撑板的底板上固定安装有驱动电机，所述驱动电机的转动杆固定连接有转盘，所述转盘的底板上对称设置有第一加压头和第二加压头，通过设置导向柱、支撑板、气缸和第一加压头的配合使用，在进行肽段除盐时
蛋白质组学中肽段装置

[发明专利]一种酶切概率辅助的肽段可检测性预测方法-CN201810901107.1有效
发明人：常乘;付岩;高志强;朱云平 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院;北京蛋白质组研究中心;中国科学院数学与系统科学研究院
申请日： 2018-08-09 - 公布日： 2020-04-17 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种酶切概率辅助的肽段可检测性预测方法，其步骤包括：1)在所有鉴定蛋白中筛选高可信蛋白；2)构建酶切位点酶切概率预测模型训练集；3)训练酶切位点酶切概率预测模型；4)对所有高可信蛋白进行理论酶切，得到理论酶切肽段；5)预测所有理论酶切肽段的酶切概率；6)构建肽段可检测性训练集；7)训练肽段可检测性模型；8)预测其他蛋白的所有理论酶切肽段的肽段可检测性。本发明根据鸟枪法蛋白质组学流程的特点，在肽段可检测性预测过程中考虑的蛋白的酶解过程，显著提高了肽段可检测性预测的准确率。
一种概率辅助肽段可检测预测方法

[发明专利]富集和测试酪氨酸磷酸化肽段的方法-CN202210966157.4有效
发明人：李志凤;侯俊杰;贾伟;刘怡;李梦林;郑乃中;肖云;胡祎瑶 -专利权人：嘉华药锐科技（北京）有限公司
申请日： 2022-08-12 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： G01N30/08 文献下载
摘要：本发明涉及蛋白质组学技术领域，具体而言，涉及一种富集和测试酪氨酸磷酸化肽段的方法。富集方法包括：a)将肽段混合样品与偶联有SH2‑superbinder的固相共孵育以使得其中的酪氨酸磷酸化肽段与固相结合；其中，孵育体系中添加有蛋白酶抑制剂，所述蛋白酶抑制剂选自PMSF、Aprotinin以及AEBSF中的一种或多种；b)清洗所述固相，并将所述酪氨酸磷酸化肽段从所述固相上分离。
富集测试酪氨酸磷酸化方法

[发明专利]一种用于蛋白质组学微量样本制备的装置-CN202010351887.4在审
发明人：应万涛;钱小红;孟波;李晓宇 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院;北京蛋白质组研究中心
申请日： 2020-04-28 - 公布日： 2020-08-11 - 主分类号： G01N1/34 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于蛋白质组学微量样本制备的装置。该装置制作简单，成本低廉，且在初始蛋白量较低的情况下肽段回收率和蛋白鉴定量优于常规方法。本装置实现了一站式原位蛋白消化、肽段获取、N‑糖链释放和富集的无缝结合。最大程度上减少了样品的损失，实现微量样本蛋白质组学全流程样本制备。
一种用于蛋白质微量样本制备装置

[发明专利]真核细胞中高化学计量的非遗传性突变的鉴定方法-CN201010103043.4有效
发明人：赵英明 -专利权人：赵英明
申请日： 2010-01-29 - 公布日： 2011-08-03 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明真核细胞中高化学计量的非遗传性突变的鉴定方法，提供了一种基于质谱分析的蛋白质组学技术和基因组DNA测序，对非遗传性突变(NGM)的单氨基酸突变导致的蛋白质合成错误的鉴定及半定量方法。本发明方法具体通过综合大规模蛋白质组分析、非限制性序列比对、合成肽段的高解析度二级质谱和三级质谱鉴定及基因测序，对NGM进行了系统解析，鉴定出4个蛋白的4个肽段中含有NGM。本发明估算出NGM在肽段中的发生率约0.05％，在蛋白质水平上高于0.3％。根据突变肽段及正常肽段的质谱肽谱计数比，NGM的化学计量介于0.05～0.71之间。通过本发明的鉴定方法首次证明了NGM的高发生率及高化学计量；同时，也预测了NGM作为一种可能的机制参于了基本的生物学和生理学过程。
真核细胞中高化学计量遗传性突变鉴定方法

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